1.作用不同。

肝糖原主要是維持血糖水平的相對恆定，當體內攝入過多的糖時，肝臟會把多餘的糖以糖原的方式貯存在肝臟，如果血液的血糖水平低時，肝糖原就會分解成糖，從而提高血糖的水平。

肌糖原的主要作用是身體運動時提供能量，當劇烈運動至衰竭時，體內的肌糖原可以減少七八成，肝糖原也會大幅下降。

2、成分不同。

肝糖元是由許多葡萄糖分子聚合而成的物質。肌糖元的酵解作用是糖類供給組織能量的一種方式。

3、存在的方面不同。

人體主要儲存在肝臟和肌肉中。葡萄糖聚合物以糖原的形式儲存於肝臟，當機體需要時，便可分解成葡萄糖，轉化為能量。在動物、植物、微生物等許多生物機體內，糖的無氧分解幾乎都按完全相同的過程進行。

4、貯量不同

肝糖原：90-100克 <5%。肌糖原：200-500克 1%-2% 。

5、合成原料不同

肝糖原由單糖/非糖物質合成；肌糖原由葡萄糖合成。

6、代謝產物不同

肝糖原的代謝產物為葡萄糖；肌糖原的代謝產物為乳糖。

肌糖原不能分解。人體的血糖濃度降低時，只有肝糖原能分解成葡萄糖進入血液中補充血糖。而肌肉細胞中由於沒有相應的酶，所以肌糖原不能水解成葡萄糖，一般是在人體缺氧時，血液中的葡萄糖又供應不上了，那肌糖原就會水解成且乳酸供能。