黴豆腐在製作過程中發酵，蛋白酶和附著在菌皮上的細菌慢慢滲入到豆腐坯的內部，逐漸將蛋白質分解為各種氨基酸和遊離脂肪酸 　每100克腐乳蛋白質中含異亮氨酸4.8克、亮氨酸8.8克、賴氨酸7.0克、蛋氨酸0.7克、苯丙氨酸4.6克、蘇氨酸2.0克、色氨酸0.6克、纈氨酸5.3克。

此外，腐乳還含有鈣和磷等礦物質。 有不少人喜歡吃臭腐乳，臭腐乳中維生素B12的含量很豐富，有的品種每100克可含10毫克維生素B12，而每人每天需要維生素B12的量為1—3毫克。經常吃腐乳，不僅可以補充維生素B12，還能預防老年性痴呆。但值得注意的是臭腐乳發酵後，容易被微生物汙染，豆腐坯中的蛋白質氧化分解後產生含硫的化合物。如果吃太多的臭腐乳，將對人體產生不良作用，影響身體健康。 　

　另外，腐乳含鹽和嘌呤量普遍較高，高血壓、心血管病、痛風、腎病患者及消化道潰瘍患者，宜少吃或不吃，以免加重病情。

發黴的食物製作成醬一樣能吃，發黴食物不一定致病，關鍵是有沒有致病菌。現在的黴豆腐都是在無菌條件下接種非致病黴菌來發酵，製作工藝有一套嚴格程式，所含黴菌不致病，且經過食鹽醃漬之後抑制了黴菌的活性，可以保持出廠時的狀態。而普通發黴食物不能保證不含致病菌，也沒有外界措施可以抑制黴菌的生長，所以一般建議不吃。