發酵過程中採用的滅菌方法、原理和條件採用強烈的理化因素使任何物體內外部的一切微生物永遠喪失其生長繁殖能力的措施，成為滅菌。滅菌常用的方法有化學試劑滅菌、射線滅菌、乾熱滅菌、溼熱滅菌和過濾除菌等。可根據不同的需求，採用不同的方法，如培養基滅菌一般採用溼熱滅菌，空氣則採用過濾除菌 。滅菌的徹底程度受滅菌時間與滅菌劑強度的制約。微生物對滅菌劑的抵抗力取決於原始存在的群體密度、菌種或環境賦予菌種的抵抗力。滅菌是獲得純培養的必要條件，也是食品工業和醫藥領域中必需的技術。方法概述滅菌常用的方法有化學試劑滅菌、射線滅菌、乾熱滅菌、溼熱滅菌和過濾除菌等。可根據不同的需求，採用不同的方法，如培養基滅菌一般採用溼熱滅菌，空氣則採用過濾除菌。熱滅菌法熱滅菌法利用高溫使微生物細胞內的一切蛋白質變性，酶活性消失，致使細胞死亡。通常有乾熱、溼熱和間歇加熱滅菌等法。乾熱滅菌火焰灼燒法或烘箱內熱空氣滅菌法稱為乾熱滅菌法(dryheatsterilization)。把金屬器械或洗淨的玻璃器皿放入電熱烘箱內，在150～170℃下維持1～2小時後，可達到徹底滅菌(包括細菌的芽孢)的目的。灼燒(incineration或combustion)是一種最徹底的乾熱滅菌法，應用範圍僅限於接種環、接種針的滅菌或帶病原菌的材料、動物屍體的燒燬等。溼熱滅菌以沸水、蒸氣和蒸氣加壓滅菌。巴氏消毒法：因最早由法國微生物學家巴斯德用於果酒消毒，故名。這是一種專用於牛奶、啤酒、果酒或醬油等不宜進行高溫滅菌的液態風味食品或調料的低溫消毒方法[1] 。巴氏滅菌法就是溼熱滅菌，此法有兩種方式[1] ，①經典的低溫維持法(lowtemperatureholdingmethod，LTH)：在61.7～62.8℃下處理30分鐘;②較現代的高溫瞬時法(hightemperatureshorttime或flushpoint，HTST)：在71.6℃或略高溫度下處理15分鐘。在上述諸法中，以蒸氣加壓滅菌效果最好，可用常壓蒸氣滅菌，也可在高壓蒸氣鍋中(一般使用1千克/釐米2)滅菌,其蒸氣溫度可達121℃,能將耐熱的芽孢在30分鐘內全部殺死。但對某些易被高壓破壞的物質，如某些糖或有機含氮化合物，宜在0.6千克/釐米2壓力下(110℃)滅菌15～30分鐘。煮沸消毒法：採用在100℃下煮沸數分鐘的方法，一般用於飲用水的消毒[1] 。間歇滅菌間歇滅菌連續3天,每天進行一次蒸氣滅菌的方法。此法適用於不能耐 100℃以上溫度的物質和一些糖類或蛋白質類物質。一般是在正常大氣壓下用蒸氣滅菌 1小時。滅菌溫度不超過100℃,不致造成糖類等物質的破壞，而可將間歇培養期間萌發的孢子殺死，從而達到徹底滅菌的目的。輻射滅菌輻射滅菌在一定條件下利用射線進行滅菌的方法。較常用的有紫外線，其他還有電離輻射(射線加快中子等)。波長在25000～80000奈米之間的鐳射也有強烈的殺菌能力,以波長26500奈米最有效。輻射滅菌法僅限於某一定材料，因所需裝置複雜，難於廣泛使用。滲透壓滅菌滲透壓滅菌利用高滲透壓溶液進行滅菌的方法。在高濃度的食鹽或糖溶液中細胞因脫水而發生質壁分離，不能進行正常的新陳代謝，結果導致微生物的死亡。化學試劑滅菌大多數化學藥劑在低濃度下起抑菌作用,高濃度下起殺菌作用。常用5%石炭酸、70%乙醇和乙二醇等。化學滅菌劑必須有揮發性，以便清除滅菌後材料上殘餘的藥物。化學滅菌常用的試劑有表面消毒劑、抗代謝藥物(磺胺類等)、抗生素、生物藥物素抗生素是一類有微生物或其他生物生命活動過程中的合成的次生代謝產物或人工衍生物，他們在很低濃度時就能抑制或感染它種生物(包括病原菌，病毒，癌細胞等)的生命活動，因而可用作優良的化學治療劑。