區別如下：

1、級別不同：計劃單列市都是副省級，而省會城市並非全是副省級。全國只有15個副省級城市，其中包括深圳、廈門、青島、大連和寧波等5個計劃單列市，以及哈爾濱、長春、瀋陽、濟南、南京、杭州、西安、武漢、成都和廣州等10個省會城市。

2、組織關係不同：計劃單列市的書記、市長、人大主任和政協主席均由中央任命，而省會城市的書記、市長、人大主任和政協主席則不必均由中央任命。

3、經濟許可權不同：計劃單列市的收支直接與中央掛鉤，由中央財政與地方財政兩分，無須上繳省級財政，享有省一級的經濟管理許可權。而省會城市的收支是與省級財政掛鉤的。

計劃單列市是中國對省轄市（區）實行計劃單獨列，就是在行政建制不變的情況下，省轄市（區）在國家計劃中列入戶頭。即中央把這些城市（區）視同一級的計劃單位，在國家計劃中單位列戶頭，並賦予這些城市相當於省一級的經濟管理許可權，即：

1、中國原國家計委（現為國家發改委）和國務院有關部委下達省、直轄市的中長期的年度計劃中，在所在的省、市的名義下，列出“其中：某某市”的指標，並直接下達。統計數字也照此辦理。

3、發給省市檔案，同樣發給這些城市。

4、對這些城市進行政經濟體制改革的綜合試點。