石榴上的黑斑主要是由病害引起的。其中包括石榴焦腐病，石榴麴黴病和青黴病，石榴煤汙病和石榴瘡痂病。

主要在石榴的果面及果蒂處形成水漬狀褐斑，隨時間的延長，褐斑病變轉化為黑色。空氣潮溼的時候，還在病斑上著生黑色小粒點。也就是病原菌分生孢子。

該病主要危害石榴果實。麴黴病原菌從石榴日灼果，蟲傷果等傷口入侵果實，在溼度極度潮溼下發病。

病果由初期的水漬狀逐漸變軟腐爛，然後在病果腐爛處產生大量黑黴，形成黑黴斑病果。

與石榴麴黴病原菌一樣，青黴病原菌也從傷口侵入，直接造成石榴果實腐爛，然後在腐爛處著生青黴。後期病果變成暗黑色病果。

石榴煤汙病不僅汙染葉片，也危及石榴果實。發病誘因主要是昆蟲在石榴果實上取食後排洩粘液，時間長久後形成的煤煙菌絲層，致果實感病形成黑斑。

發病果由最初的水漬狀逐漸演變成紅褐色病果。隨時間的推移，病果發展成為黑褐色。嚴重時，病果呈瘡痂狀開裂。

對於石榴黑斑的形成，主要以預防為主，常用藥劑配方如40%氟矽唑，6o%防黴寶與70%代森錳鋅三元復配使用。或者20%噻菌銅，70%甲託與47%的加瑞龍三元復配使用。