恐怖博士將由之前的每週三、週六固定出現，變成每週6天一個輪迴的出現機制，具體如下：

第1天：

恐怖博士普通版（7關，類似原週三小地圖版）

第2天：

恐怖博士火山版（7關，類似原週六大地圖版）

第3天：

新BOSS吉爾哈特上校戰爭工廠（單機模式，可以挑戰3次）

吉爾哈特上校是海島奇兵全新的BOSS女上校，想要挑戰這位女上校Colonel Gearheart，首先的啟用條件是打敗45級的哈莫曼中尉。她會出現在大地圖的島上（如上圖），基地是一個戰爭工廠。每次任務的時限是21小時，玩家在這個時間內可以挑戰3次。

挑戰完3次之後，系統會根據玩家對女上校基地的摧毀度，分段給予獎勵。

第4天：

恐怖博士普通版（7關，類似原週三小地圖版）

第5天：

恐怖博士火山版（7關，類似原週六大地圖版）

第6天：

新事件哈莫曼的反擊（防守戰，接受哈莫曼的進攻）

哈莫曼入侵事件，玩家要做的是防守，防住哈莫曼的進攻才算勝利，本方陣型的司令部被打爆，就視作失敗。和吉爾哈特上校戰爭工廠一樣，啟用條件是玩家打過45級哈莫曼，並且在你的基地上建造武器實驗室。

而只要防住了哈莫曼的進攻，就能夠獲得不同型別的原型模組。

海島奇兵恐怖博士的機制更新之後，每天出現的事件將根據玩家所在時區，在每天早上6點開始，第二天凌晨3點結束。所有事件的持續時間都是21小時。