含有毒素的蜂蜜往往色澤較深，常為茶褐色，有異臭味，口嘗有苦澀或麻舌頭的感覺。

科學研究和實踐證明，蜂蜜具有很強的抗菌能力，是世界上唯一不會腐敗變質的食品。

蜂蜜結晶是一種物理現象，其化學成分、營養價值都未發生變化，更不會影響蜂蜜的質量。結晶的晶體是葡萄糖，並非蜂蜜中摻入了白糖，其實真正摻入白糖的蜂蜜不易發生結晶現象，易於結晶的蜂蜜才是純正的蜂蜜，結晶並不影響質量。

蜂蜜結晶是在食用蜂蜜過程中常遇到的一個問題。隨著時間的延長及氣溫的變化，往往蜂蜜會從液態變為結晶狀態，顏色由深變淺。蜂蜜的這種變化常常引起一些人的誤解，認為這是由於蜂蜜是摻入白糖而造的。其實這是蜂蜜的自然變化，不是摻糖的結果。可連瓶一起放在冷水鍋裡徐徐加溫，當水溫達到70~80度c時，沉澱物即會融化，並再也不會發生沉澱了。鑑定蜂蜜好壞（1）優質蜂蜜色淺、光亮透明、粘稠；劣質蜂蜜黑紅或呈暗褐色、光澤暗淡、渾濁。 （2）優質蜂蜜花香明顯、氣味純正、無雜味；劣質蜂蜜則相反。 （3）優質蜂蜜入口綿潤清爽、柔和細膩、滋味幹甜清香、餘味輕；劣質蜂蜜入口味甜而膩、喉感麻辣、餘味較重。 （4）優質蜂蜜取少許放在手心上，用手指搓揉感到粘膩，或將少許滴在紙上成珠狀，不出現滲透現象。 （5）把燒紅的粗鐵絲插入蜜內，起氣的是真蜂蜜，冒煙的是假蜂蜜。

發酵和結晶是蜂蜜的物理特性，但不能用這種方法來衡量是否好蜂蜜。有的蜂蜜就不結晶，但它是好蜂蜜，比如龍眼蜜。