農藥主要由三條途徑進入人體內：一是偶然大量接觸，如誤食；二是長期接觸一定量的農藥，如農藥廠的工人和使用者（農民與有關技術人員）；三是日常生活接觸環境和食品中的殘留農藥，後者是大量人群遭受農藥汙染的主要原因。環境中大量的殘留農藥可透過食物鏈經生物富集作用，最終進入人體。農藥對人體的危害主要表現為三種形式：急性中毒、慢性危害和“三致”危害。

（1）急性中毒

農藥經口、呼吸道或接觸而大量進入人體內，在短時間內表現出的急性病理反應為急性中毒。急性中毒往往表現為急性發作異常症狀並造成大量個體死亡，是最明顯的農藥危害。

（2）慢性危害

長期接觸或食用含有農藥的食品，可使農藥在體內不斷蓄積，對人體健康構成潛在威脅。有機氯農藥已被歐共體禁用30年，而德國一所大學對法蘭克福、慕尼黑等城市的262名兒童進行檢查，其中17名新生兒體內每千克脂肪中聚氯聯苯含量高達1.6毫克。

（3）致癌、致畸、致突變

國際癌症研究機構根據動物實驗證明，18種廣泛使用的農藥具有明顯的致癌性，還有16種顯示潛在的致癌危險性。據估計，美國與農藥有關的癌症患者數約佔全國癌症患者總數的10%。越戰期間，美軍在越南噴灑了大量植物脫葉劑，致使不少接觸過脫葉劑的美軍士兵和越南平民得了癌症、遺傳缺陷及其他疾病。