1、生長環境不同

瑪卡是生長在海拔三千多米以上的高原高寒地區，黃瑪卡就是生長在這個區域，但是黑瑪卡一般生長在3500或4000米以上的海拔中。它比黃瑪卡生長環境更為惡劣，晝夜溫差更大，栽種深度更深，所以對對於養分吸收的更充分，導致它的營養成分較多。

2、外形區別

黑瑪卡的原產地是秘魯，而國內的黑瑪卡大多是黃瑪卡，或者其他顏色瑪卡經過加工後假冒品。所以它們外形上有一定的區別，黑瑪卡我想一般是橢圓形，而黃瑪卡大多是呈人參的長條形，而且黑瑪卡由於營養成分較多的原因，它的果實生長較為緊密，捏一下較厚實，而黃瑪卡就沒有這種情況了。

3、味道區別

黑瑪卡既然營養成分更好，功效較好，它的味道和黃瑪卡也有一定的區別。正宗的黑瑪卡在乾燥後，聞起來有一股類似醋一樣的辛酸味，靠近就會撲鼻而來，但是嚼起來卻有一種淡淡的甜味。而黃瑪卡聞起來沒有什麼氣味，而嚼起來還有一種像芥末一樣的辛辣味。

4、功效區別

黑瑪卡中含有豐富的礦物質、維生素、蛋白質以及氨基酸，它能消除人體疲勞、提高人體免疫力。它含有瑪卡醯胺和瑪卡稀兩種活性物質，能刺激人體腦下垂體和睪丸組織，調節人體荷爾蒙激素，改善男性性功能。而黃瑪卡含有黃瑪卡醯胺和黃瑪卡稀兩種活性物質，能平衡人體荷爾蒙分泌，被被稱為天然荷爾蒙發動機。