1、心臟。咖啡因以兩種方式作用於心臟：除了影響調節心血管系統的大腦中樞，也直接對心臟產生作用。高劑量的咖啡因能使不耐受咖啡因的人每分鐘增加10~20次心跳，並且可能使某些人短暫心律不齊。

因此，適度飲用含咖啡因(平均每天最多500毫克)的飲品，不會大幅提高心臟疾病風險，但超過這個劑量可能會增加患心肌梗死的風險。

2、腎臟。早上喝咖啡後愛上廁所，是許多人經常遇到的事。這是因為咖啡因會影響腎臟的腺苷受體，起到類似利尿劑的作用。咖啡因也可能減緩大腦釋放一種減少尿液生成的抗利尿激素。

3、消化系統。咖啡中的酸質、油脂及咖啡因都可能刺激胃黏膜，並促進胃酸分泌，長期大量飲用含有咖啡因的飲品，會導致胃病。

4、呼吸系統。咖啡因及類似藥物對於呼吸有兩種影響，一是增加呼吸速率。此外，咖啡因可使氣管周圍的平滑肌放鬆，因而使氣管擴張，增加呼吸量。但咖啡因不可以作為藥物用於臨床來治療哮喘。

5、生殖系統。有研究指出，婦女懷孕期間喝咖啡，生下的嬰兒出生體重較低。也有研究顯示，服用咖啡因(相當於每天喝多於一杯咖啡)可能顯著降低婦女受孕的機會。

6、眼睛。咖啡因會使眼部微血管收縮(變窄)，使得進入眼睛細胞的營養物質減少，也會降低眼睛清除廢物的速率。