阿莫西林和阿奇黴素都是臨床比較常用的抗菌藥物，但是它們化學分類、作用機制、細菌耐藥狀況、不良反應方面各不相同。

首先，阿莫西林屬於青黴素類藥物，故臨床應用時需進行皮試，只有皮試陰性的患者才可以應用。而阿奇黴素屬於大環內酯類抗菌藥物，和紅黴素，克拉黴素，羅紅黴素同屬一類，這類藥物發生過敏的較少，臨床應用前不需進行皮試。

其次，阿莫西林是透過破壞細菌的細胞壁，使細菌內容物流出殺死細菌的，屬於殺菌劑。而阿奇黴素是透過抑制細菌內蛋白質的合成來實現抑制細菌的生長，它屬於抑菌劑。

第三，阿莫西林對常見的蘭氏陽性球菌如A組溶血鏈球菌、肺炎鏈球菌有很好的抗菌活性。同時，對革蘭氏陰性菌中的大腸桿菌也有較好的療效，並且還能夠抑制幽門螺旋桿菌的生長，可以和其他藥物聯用用於根治幽門螺桿菌。

阿奇黴素雖然對鏈球菌有效，但是近些年來，鏈球菌對其耐藥比較嚴重。在抗菌譜方面，阿奇黴素除了對細菌有效之外，還可以用於軍團菌、肺炎支原體，肺炎衣原體等非典型病原體的治療，這是阿莫西林所不具備的。因為這些病原體沒有細胞壁，阿莫西林也就無效。

第四，阿莫西林的半衰期比較短，一天需要給藥2到3次，而阿奇黴素半衰期比較長，通常每日只需給藥一次。所以，阿奇黴素應用比阿莫西林方便。

第五，在不良反應方面，阿莫西林發生過敏反應比較多，尤其是皮疹比較常見。而阿奇黴素最常見的不良反應就是胃腸道副作用，可以引起噁心，嘔吐，腹痛，腹瀉等症狀。

綜上所述，阿莫西林和阿奇黴素在抗菌譜、細菌耐藥、不良反應、用藥依從性等方面各有特點，臨床需根據患者的個體情況合理選用。