從整個社會的創新效率角度看，中國當前科研院所很多需要改制。事實上從1999年開始很多院所也早已完成改制，但改制本身並不能自動解決所有創新問題。

很多轉制科研院目前的基本發展現狀是：產業化水平低，經濟總量上不去；科研退化嚴重，亟需強化、甚至重構。根本上，一些基本問題仍然沒有得到實質性解決：

第一，科研與產業結合問題。科研院所的一般情況是，在有科研成果的時候成立專案公司往後走；但走到最後，後續的研發跟不上，做成小產品就結束了。

第二，科研與社會資源結合問題。除了科研與資本的結合問題之外，還要解決與廣泛的產業環境資源結合問題，如供應商資源、客戶關係資源等。沒能構建起屬於自己的生態體系，是科研院所產業化沒做好的很大原因，但很多時候科研院所卻簡單把問題歸結為產品本身問題。

第三，公司化發展問題。公司化發展，實質上是指在管理理念、組織運營體系和管理技術方法上，採用現代的先進做法，因此存在較大的技術難度。當前，很多科研院所連公司化發展所必需的業務系統——公司化的經營系統、公司化的創新系統、公司化的營銷系統和公司化的生產系統都遠沒有形成。

第四，業務模式豐富化與升級化問題。豐富化和升級化是科研院所兩種戰略發展方式。業務模式豐富化對科研院所而言，難在怎麼處理上，因為豐富化就容易分散化、作坊化。業務模式升級化是實現主體型別和產業地位向高階型別遷移的手段，不同的業務型別有不同的升級模式和路徑，比如新材料，可以從產品生產、到產品核心環節生產、到特許生產或資本經營、到進入裝備製造領域和工程服務行業等。