土壤消毒是殺滅土壤病原菌和地下害蟲常用的方法，可較好地防治土傳病害和地下害蟲。土壤消毒主要有以下幾種方法：（1）高溫悶棚法利用太陽的能量烤棚是一種很好的土壤消毒方法。夏季高溫季節，設施栽培換茬之際，將溫室大棚密閉，在土壤表面撒上碎稻草（每667平方米用量700～1000千克）和生石灰（每667平方米用量500千克），深翻土壤30釐米，使稻草、石灰、土壤均勻混合，然後起大壟灌大水。並保持水層，蓋嚴棚膜，密閉大棚15～20天。石灰遇水放熱，促使稻草腐爛也放熱，再加上夏季天氣炎熱和大棚保溫。白天棚內地溫可達55～60℃，25釐米深土層全天溫度都在50℃左右，半月左右即可起到消毒土壤和除鹽的作用。單獨利用灌水悶棚或者生石灰悶棚也可以，但效果比這種方法差一些。（2）土壤施用生物菌有機肥法每667平方米細緻噴灑生物菌（保得土壤生物菌接種劑、或奇多念、或生物多效奇、或酵素菌等）500～1000克（注意！噴灑之後1周內不能噴灑殺菌劑），或土壤施用生物菌發酵的有機肥。透過以上方法施入土壤中的大量有益菌類，可抑制和殺滅土壤中的各種有害微生物，預防土傳病害發生。（3）福爾馬林消毒法土壤耕翻後，每平方米土地用50毫升福爾馬林，兌水10～12千克，或每平方米噴灑100倍的福爾馬林液0.15千克，然後用塑膠薄膜蓋嚴。7～10天后揭膜，並翻土1～2次，使藥液揮發，3～5天即可栽培作物。（4）藥土消毒法每平方米用50%多菌靈可溼性粉劑2克，或50%甲基託布津可溼性粉劑8克、或40%五氯硝基苯8克，兌水2～3千克，摻細土5～6千克，播種時做下墊土和上蓋土，可有效防治多種真菌性病害。（5）噴淋或澆灌法將96%惡黴靈3000倍藥液用噴霧器噴淋於土壤表層，或直接灌溉到土壤中，使藥液滲入土壤深層，殺死土中病菌，防治苗期病害，效果顯著。（6）蒸汽熱消毒用蒸汽鍋爐加熱，透過導管把蒸汽熱能送到土壤中，使土壤溫度升高，殺死病原菌，以達到防治土傳病害的目的。這種消毒方法要求裝置比較複雜，只適合經濟價值較高的作物，並在苗床上小面積施用。此外，對於小面積的地塊或苗床，也可以將配製好的培養土放在清潔的混凝土地面上、木板上或鐵皮上，薄薄平攤，暴曬10～15天，既可殺死大量病原菌和地下害蟲，也有很好的消毒效果。