指天椒還未成熟就發黑黴爛很有可能是感染了辣椒軟腐病，這種病害對指天椒的危害極大，如果不及時防治就會造成嚴重的損失。

辣椒軟腐病主要發生在未成熟和未變色的辣椒及辣椒莖上。最初的時候會在果面上出現水浸狀暗綠色斑點，迅速擴散到整個辣椒上。辣椒腐爛、發臭、變形。病變的辣椒多數會脫落，少數會留在枝頭變乾枯。

發生辣椒軟腐病的主要原因是：田間低窪，辣椒密度過大，鑽蛀性害蟲多或連陰雨天氣多、溼度大容易造成病害的流行。病菌隨病殘體在土壤中越冬，成為第二年年初的汙染源。在田間透過灌溉水或雨水飛濺使病菌從辣椒植株的傷口侵入，染病後病菌又可透過煙青蟲及風雨進行傳播，使病害在田間蔓延。

辣椒軟腐病的主要防治措施如下：　　

1. 對土地進行輪作倒茬，辣椒應該與非茄科及十字花科蔬菜如：大白菜、水蘿蔔、西蘭花等，進行兩年以上的輪種。

2. 及時對土地進行清理，尤其要把帶病的辣椒清除，帶到土地之外進行燒燬或深埋。　　

3. 培育壯苗，適時定植，合理密植。雨季及時排水。適當追施磷鉀肥或在葉面噴施磷酸二氫鉀等。　

4. 辣椒種植棚內要加強放風，防止棚內溼度過高。 　　

5. 及進噴灑殺蟲劑如：1.8%阿維菌素2000—3000倍液防治煙青蟲等害蟲。雨前雨後及時噴灑防病藥劑72％農用硫酸鏈黴素、可溶性粉劑4000倍液，或新植黴素4000倍液、50％琥膠肥酸銅可溼性粉劑500倍液。