這個原因其實說簡單也簡單，因為李文忠是朱元璋的親外甥。另外，李文忠的死，到底是不是善終，真的難說。

其實話說大明著名的開國六公爵裡面，死在朱元璋手裡的並不多：徐達是死於背疽（別扯燒鵝的事情，那是地道的野史），鄧愈是積勞成疾而死，常遇春是暴死在戰場上，其子常茂也無足輕重，真正屈死的只有李善長和馮勝。

而李文忠呢？史書說他“十六年冬遂得疾。帝親臨視，使淮安侯華中護醫藥。明年三月卒，年四十六。”這看起來好像沒有什麼問題，對吧？

但是得結合上下文分析。在這段史料之前的一句話是“以是積忤旨，不免譴責”；後面的一句話，則是“帝疑中毒之，貶中爵，放其家屬於建昌衛，諸醫並妻子皆斬。”

這就有意思了，前面說李文忠因為提意見太多，捱了不少罵；後面又說李文忠的主治醫師華中被貶官流放，其他醫生乾脆全家被砍了頭，原因是“帝疑中毒之”？那到底是朱元璋懷疑李文忠中毒而死呢，還是李文忠真的中毒而死，老朱想要掩蓋事實真相呢？

兩種說法都說的通，因為朱元璋的性格里面，既有狠毒不留情面的一面，也有對家人無比溫情的一面。也許朱元璋會因為李文忠的死而震怒無比最後殺人，也許朱元璋會因為要掩蓋事實真相所以滅醫生的口。真相，除非給李文忠的屍骨做分析，否則永不可知。

最後說一句，李文忠是一個非常有戰略眼光的軍事家，他建議滅掉日本，認為日本是心腹大患；又建議裁撤宦官，認為宦官遲早會對明朝政治有巨大影響。這兩點，他看的極其精準。

原因有以下幾個點：

1.李文忠是朱元璋的親外甥，屬於皇親國戚，是朱元璋最後存活的親人。李文忠一家早年也有恩於朱元璋。

2.不得不聯絡到一個人——馬皇后，朱元璋誰的話都聽不進去，就只聽馬皇后的話。因胡惟庸案，李文忠強諫，朱元璋要殺李文忠，此時馬皇后出來說情，因而李文忠可以免死。馬皇后1382年逝世，李文忠1384年逝世，故應當是馬皇后生前都護著李文忠。附：李文忠人生最後幾年被免官在家。

3.軍功累累，在功臣廟，排名第三

4.不結黨。如胡惟庸案，一牽扯就是好幾萬人。對於朱元璋這對皇權看得太重的皇帝，最忌諱的是底下的大臣結黨營私，對皇權的威脅。所以李文忠對皇權無威脅。當然朱元璋也信得過李文忠。

如果說李文忠善終絕對是正史對太祖進行粉飾美化後的結果，官方史書以及非官方留下了太多羅生門式記載。

異姓王裡朱文正幽禁而終和鞭斃兩種記錄；李文忠有被賜醫後猝死，劉伯溫被賜藥暴斃，徐達被賜鵝暴斃，這些案例或傳說都比較集中在太祖在位後期，至少在當時朱元璋是有特別關照開國元勳病情的臨終關懷傳統，且一關懷就留下有各種民間軼事傳說，其案例扎堆的緣由很值得玩味。

朱棣在後來北京起兵靖難後，其支援勢力主要是燕王部將與開國元勳二代兩股力量，與後來英宗奪門之變的所受支援的投機勢力構成大不相同。以朱棣部眾一直不敵南軍的盛庸、平安、鐵鉉、郭英、耿炳文等這些將領，在戰場上，這些知名及不知名將領都給了朱棣很大苦頭。但代表朝廷高層勢力的李文忠之子李景隆一直給朱棣送助攻，從李景隆輸出的種種反常表現，可以感覺其父李文忠死因絕對非比尋常。