其實這種顧慮的確是應該存在的，我們的益生菌大多都是生活在偏鹼性的大腸中，而當我們口服益生菌的時候，他們要透過酸性非常高的胃部，這種酸鹼的差異的確非常巨大，也確實有很多種益生菌會在胃中大量失活，不過還是有一些益生菌能夠扛住胃部的消化，從而順利的達到腸道中進行定植，所以，不要認為只要是益生菌都是一樣的，其實不同的菌種差異非常大。
其實這也是為什麼正規的益生菌製劑不僅僅要測量其中的活菌數，更要測量其在模擬消化後的存活率，像我們很有名的一款日本的益生菌，就在前一陣子被爆出其經模擬消化後存活率不及百分之一，也就是說雖然他的活菌含量很高，但基本都會在胃部被殺死。、
當然，大多數正規的益生菌都具有符合標準的存活率和腸道內的定植率，當然這裡所說的正規益生菌是正規藥廠所生產的藥品。所以這一點不用過度擔心。
不過我們還是需要謹慎的使用益生菌，例如前一陣子臺灣已經禁止使用糞腸球菌作為益生菌的製劑，因為發現糞腸球菌會攜帶和傳播抗藥性，同時對於益生菌的有效性目前也僅僅在某些方面擁有高質量證據，例如菌群失調所導致的便秘、腹瀉。但是對於我們很多人期望的保健、預防疾病，都缺乏高質量證據。所以建議在沒有明確指標應該使用益生菌的時候，如果想調節腸道菌群，可以更多的食用益生元，例如菊粉，低聚木糖等等，從而自然的促進腸道菌群的健康
其實這種顧慮的確是應該存在的，我們的益生菌大多都是生活在偏鹼性的大腸中，而當我們口服益生菌的時候，他們要透過酸性非常高的胃部，這種酸鹼的差異的確非常巨大，也確實有很多種益生菌會在胃中大量失活，不過還是有一些益生菌能夠扛住胃部的消化，從而順利的達到腸道中進行定植，所以，不要認為只要是益生菌都是一樣的，其實不同的菌種差異非常大。
其實這也是為什麼正規的益生菌製劑不僅僅要測量其中的活菌數，更要測量其在模擬消化後的存活率，像我們很有名的一款日本的益生菌，就在前一陣子被爆出其經模擬消化後存活率不及百分之一，也就是說雖然他的活菌含量很高，但基本都會在胃部被殺死。、
當然，大多數正規的益生菌都具有符合標準的存活率和腸道內的定植率，當然這裡所說的正規益生菌是正規藥廠所生產的藥品。所以這一點不用過度擔心。
不過我們還是需要謹慎的使用益生菌，例如前一陣子臺灣已經禁止使用糞腸球菌作為益生菌的製劑，因為發現糞腸球菌會攜帶和傳播抗藥性，同時對於益生菌的有效性目前也僅僅在某些方面擁有高質量證據，例如菌群失調所導致的便秘、腹瀉。但是對於我們很多人期望的保健、預防疾病，都缺乏高質量證據。所以建議在沒有明確指標應該使用益生菌的時候，如果想調節腸道菌群，可以更多的食用益生元，例如菊粉，低聚木糖等等，從而自然的促進腸道菌群的健康