1、益生菌是活菌，如乳酸桿菌、芽胞桿菌、雙歧桿菌及其製劑；益生素一般指一些功能性低聚糖、酸化劑和中草藥製劑，是促進腸道內有益菌生長、繁殖或啟用代謝功能的。這兩者的混合物叫合生素。

益生菌是透過與有害菌競爭氧、營養和定植位點，抑制有害菌增殖，從而改變腸內菌群平衡，使腸內環境得到淨化。透過抗氧化作用、抗變異作用、生理活性作用、免疫刺激等方式對宿主發揮機體調節、機體防禦、預防疾病、治療疾病等功效。

益生素是透過選擇性促進腸道內某些有益菌的活性或生長、繁殖，從而增進宿主健康。一般在胃腸道上部既不能被水解，也不能被動物吸收，但能選擇性刺激腸內有益菌生長、繁殖或啟用代謝功能，調節腸內有益於健康的優勢菌群的構成和數量，從而直到增強宿主機體健康的作用。2、普通發酵料和調製乳，發酵乳和益生菌發酵乳都是用乳酸菌等成分發酵，裡面都含活性成分。而益生菌發酵則對使用的發酵菌有更特殊要求，一般裡面都含雙岐桿菌等多種益生菌群，這些成分是調節腸道菌群平衡的，單獨提取可入

益生菌的種類很多，如雙歧桿菌，枯草桿菌等，但都對生物體有益，益生菌多了，可以抑制住對生物體有害的菌種，例如，益生菌足夠多，就能抑止住酵母菌。所以益生菌是不能用來發酵的，益生菌只能在動物物質內生存滋生繁殖，例如在人體腸道中，在牛奶中等。益生菌在碳水化物中存活不了，例如不能用來發面，發不起來，都死掉了，根本繁殖不了。益生菌對人體無害，可活體食用。

發酵料是酵母菌，糖麴菌，黴菌，細菌等等的混合菌，能在任何環境中生存，繁衍，起到破壞改變物質性質的作用。酵母菌不能活體食用，對人體有害。例如發麵的老肥水，直接生喝保證生病拉肚子。但凡物都有兩個方面，人類在生產實踐活動中，正是利用了酵母菌的破壞特性，改變物質的原有特性，為人類服務，例如發麵饅頭，就比死麵饅頭好吃，高梁酒就比高梁粥別有風味。酵菌雖然破壞了食物的原有性質，但人類通高溫，殺死了它，得到了新的有風味食物。這就是兩種菌的區別。