魚缸綠藻分多種，可以對應相關辦法來進行除藻。
一、綠水
綠水又稱水華或藻華，通常是單細胞綠藻（如小球藻）過度繁衍所造成的景象，這種藻類形成的原因，主要是水中累積有過量硝酸鹽及磷酸鹽之故，其繁殖力相當快速，能在理想光環境及營養環境中，只需半天時間，即可由一個小球藻細胞，繁衍出幾兆個細胞來，使清澈的水，立即轉為綠色。
綠水的出現不會釀成大害，所以不用擔心。在水產養殖界，放養魚類之前，通常會在養殖池先培養出綠水（俗稱養水），以預防養殖初期，發生氨的毒害反應，因為綠藻可以吸收氨（銨）為氮肥。
另外，使用紫外線殺菌燈處理綠水，大約不到一週時間，也可以獲得有效控制，但要徹底解決這問題，還是以水中不能累積過量硝酸鹽及磷酸鹽才行，否則很容易又會再度滋生。
二、膜狀藻
膜狀藻主要為藍綠藻種類，通常生長在水草葉片、石頭、缸壁或底砂表面上，其顏色常為藍綠色，偶而為黑、紫或棕色。最容易在水族缸設定之初出現，或換水頻率過高的水族缸也較易產生。它們特別具有危險性，因為它們生長速度非常驚人，而且會形成一層薄膜，抑制水草的光合作用及呼吸作用，使水草生長不良。
藍綠藻是一種介於細菌與藻類之間的原核微生物，過去被歸類為藻類，但有人主張應改歸類為細菌才適當，因為它與屬於真核微生物的藻類為並不相同，具有細菌的某些特徵，所以也可以稱為籃細菌，能進行細胞分裂生殖，繁殖速度相當快。可視為屬於一種尚未完全由細菌演化為真正藻類的過度生物，不同於一般細菌的是，它的細胞中含有葉綠素，因此能進行光合作用，自營生活。
這種藻類在硬度較高的水域較易發生，比一般藻類更能耐高水溫，其生命力及繁殖力相當旺盛，但可利用除藻劑或消毒殺菌劑消除。不過，其屍體分解後可能會產生毒素，易使魚蝦中毒死亡。因此，在處理上，儘量不要使用除藻劑或消毒殺菌劑，以免魚蝦發生中毒意外。如果想要去除它，最好還是動手將它移除、保持水質乾淨，或者肥料新增不要過量，才是穩當的作法。
三、絲狀藻
絲狀藻通常屬於綠藻種類，因藻體呈絲狀而得名，品種很多且形態相似，有時候用肉眼不容易辨識。主要附著生長在水草葉片及石頭上，以綠色品種居多，外形多半為棉花狀、線狀、或刷狀。它們的生長條件與水草幾乎相同，很容易在水草缸生長，可稱得上是水草缸的常客。
絲狀藻形成的原因，大部分都是附著於水草葉片入侵的，真正屬於水族缸自生的反而比較少，所以在栽培新水草之前，如果能加強絲狀藻的檢疫工作，相信引起絲狀藻滋生的機會應該會少許多。另外，換水次數太少，使水族缸累積過多的硝酸鹽及磷酸鹽，將會加速絲狀藻的繁殖速度，若光線太強或施肥過量，更會助長這種趨勢。
處理時，可以用手或適當的工具將絲狀藻移走，或放養藻食性動物，如大和藻蝦協助消除，必要時使用除藻劑會有更迅速的效果。另外，勤換水，藉以稀釋過剩營養鹽的濃度，則是抑制其繼續擴散的有效方法。
四、青苔
生長在水族箱玻璃或缸中石塊表面上綠色的膜片狀藻類，通常是一種俗稱"假小石蓴藻"的綠藻，這種藻類即一般人所稱之青苔，能廣泛適應於各種水質條件，在溫度5-36℃，pH值5.5-9.0，光度500-2500 Lux，未優養化至高度優養化的水質中均能生長。
青苔的繁殖速度十分快速，尤其在有機營養物質豐富的水中更是常會大量滋生。如果水族缸正面的玻璃長滿青苔，整個水草景觀將被遮擋而無法透視，所以會嚴重影響水草景觀的觀賞品質。雖然利用普通擦拭法很容易消除，但是要想根除卻不容易，再生的機率相當高，因此常讓人感到頗為困擾。
要清除青苔，以放養除藻動物的方法最安全而有效，像小精靈、黑線飛狐、白玉飛狐等魚類都能為您協助清除。尤其是以放養笠螺最具成效，只要放養1-2只笠螺，並且能讓它們舒適生活其中，就幾乎可以不用再擔心青苔問題了。
五、黑毛藻
黑毛藻是最常見的毛皮狀藻類，長約0.3公分，大部分叢生於水草葉緣，也會密密麻麻地長在水族缸內任何固體表面上，長相非常不討人喜歡。一旦在魚缸內著生，特別具有破壞力，要讓它自然消失，幾乎是非常困難之事，所以常令人感到十分頭痛，其發生的原因通常是水體中磷酸鹽過量，或養分不均衡使然。
黑毛藻是黑色的藻類，幾乎能直接或間接利用所有可見光，其光合作用的效率為水草或其他藻類所難望其項背者，以致在任何光質及光度下，它依然可以生存得很好。它能直接利用水中的溶氮（DN）為氮肥，所以在完全沒有氮肥（如硝酸鹽及銨鹽）的情況下，也可以正常生長，由此可見其生命力強韌的一般。
過去只要發現水草長出黑毛藻時，都是立即利用剪刀把長藻的葉片直接剪掉，以儘可能把它從水族缸徹底移除，不過它的孢子仍有再度萌發的機會，實在很難達到根絕的目的，縱使放養藻食性動物協助清除，但效果並不明顯，甚至使用一般除藻劑也難於對抗，因此許多人曾為此而翻缸。所幸，更有效的除藻劑（如TBS黑毛藻剋星）問世之後，大約在兩三星期的療程中，就可以把它消除殆盡，所以它的威脅性已經大為降低。
六、矽藻
矽藻在水草缸也是常見藻類之一，不過出現的機率，比上述藻類要來得少一些。在水族缸鮮少有大規模矽藻出現，通常只是區域性生長在水草向光的葉片、見光的砂層表面，或更多情況是長在缸壁上。外觀呈不規則膜片狀或泥狀，由於呈褐色的，有許多人也稱之為褐藻。
促使矽藻滋生的原因，最常見的是光線不足，水中含氧量過低，水質偏鹼性，過濾系統不良等因素所造成的，反而與肥料過剩的關係較少，所以矽藻也可能發生於養分貧乏的水族缸中。
當發現有此種藻類生長時，首先可以從加強光照，以及健全過濾系統等措施著手改善，也許即能在短期內逐漸讓它自動消失。如果沒有明顯改善，則可以放養藻食性魚類及笠螺來協助清理，或使用除藻劑給予清除，可能更迅速有效。
魚缸綠藻分多種，可以對應相關辦法來進行除藻。
一、綠水
綠水又稱水華或藻華，通常是單細胞綠藻（如小球藻）過度繁衍所造成的景象，這種藻類形成的原因，主要是水中累積有過量硝酸鹽及磷酸鹽之故，其繁殖力相當快速，能在理想光環境及營養環境中，只需半天時間，即可由一個小球藻細胞，繁衍出幾兆個細胞來，使清澈的水，立即轉為綠色。
綠水的出現不會釀成大害，所以不用擔心。在水產養殖界，放養魚類之前，通常會在養殖池先培養出綠水（俗稱養水），以預防養殖初期，發生氨的毒害反應，因為綠藻可以吸收氨（銨）為氮肥。
另外，使用紫外線殺菌燈處理綠水，大約不到一週時間，也可以獲得有效控制，但要徹底解決這問題，還是以水中不能累積過量硝酸鹽及磷酸鹽才行，否則很容易又會再度滋生。
二、膜狀藻
膜狀藻主要為藍綠藻種類，通常生長在水草葉片、石頭、缸壁或底砂表面上，其顏色常為藍綠色，偶而為黑、紫或棕色。最容易在水族缸設定之初出現，或換水頻率過高的水族缸也較易產生。它們特別具有危險性，因為它們生長速度非常驚人，而且會形成一層薄膜，抑制水草的光合作用及呼吸作用，使水草生長不良。
藍綠藻是一種介於細菌與藻類之間的原核微生物，過去被歸類為藻類，但有人主張應改歸類為細菌才適當，因為它與屬於真核微生物的藻類為並不相同，具有細菌的某些特徵，所以也可以稱為籃細菌，能進行細胞分裂生殖，繁殖速度相當快。可視為屬於一種尚未完全由細菌演化為真正藻類的過度生物，不同於一般細菌的是，它的細胞中含有葉綠素，因此能進行光合作用，自營生活。
這種藻類在硬度較高的水域較易發生，比一般藻類更能耐高水溫，其生命力及繁殖力相當旺盛，但可利用除藻劑或消毒殺菌劑消除。不過，其屍體分解後可能會產生毒素，易使魚蝦中毒死亡。因此，在處理上，儘量不要使用除藻劑或消毒殺菌劑，以免魚蝦發生中毒意外。如果想要去除它，最好還是動手將它移除、保持水質乾淨，或者肥料新增不要過量，才是穩當的作法。
三、絲狀藻
絲狀藻通常屬於綠藻種類，因藻體呈絲狀而得名，品種很多且形態相似，有時候用肉眼不容易辨識。主要附著生長在水草葉片及石頭上，以綠色品種居多，外形多半為棉花狀、線狀、或刷狀。它們的生長條件與水草幾乎相同，很容易在水草缸生長，可稱得上是水草缸的常客。
絲狀藻形成的原因，大部分都是附著於水草葉片入侵的，真正屬於水族缸自生的反而比較少，所以在栽培新水草之前，如果能加強絲狀藻的檢疫工作，相信引起絲狀藻滋生的機會應該會少許多。另外，換水次數太少，使水族缸累積過多的硝酸鹽及磷酸鹽，將會加速絲狀藻的繁殖速度，若光線太強或施肥過量，更會助長這種趨勢。
處理時，可以用手或適當的工具將絲狀藻移走，或放養藻食性動物，如大和藻蝦協助消除，必要時使用除藻劑會有更迅速的效果。另外，勤換水，藉以稀釋過剩營養鹽的濃度，則是抑制其繼續擴散的有效方法。
四、青苔
生長在水族箱玻璃或缸中石塊表面上綠色的膜片狀藻類，通常是一種俗稱"假小石蓴藻"的綠藻，這種藻類即一般人所稱之青苔，能廣泛適應於各種水質條件，在溫度5-36℃，pH值5.5-9.0，光度500-2500 Lux，未優養化至高度優養化的水質中均能生長。
青苔的繁殖速度十分快速，尤其在有機營養物質豐富的水中更是常會大量滋生。如果水族缸正面的玻璃長滿青苔，整個水草景觀將被遮擋而無法透視，所以會嚴重影響水草景觀的觀賞品質。雖然利用普通擦拭法很容易消除，但是要想根除卻不容易，再生的機率相當高，因此常讓人感到頗為困擾。
要清除青苔，以放養除藻動物的方法最安全而有效，像小精靈、黑線飛狐、白玉飛狐等魚類都能為您協助清除。尤其是以放養笠螺最具成效，只要放養1-2只笠螺，並且能讓它們舒適生活其中，就幾乎可以不用再擔心青苔問題了。
五、黑毛藻
黑毛藻是最常見的毛皮狀藻類，長約0.3公分，大部分叢生於水草葉緣，也會密密麻麻地長在水族缸內任何固體表面上，長相非常不討人喜歡。一旦在魚缸內著生，特別具有破壞力，要讓它自然消失，幾乎是非常困難之事，所以常令人感到十分頭痛，其發生的原因通常是水體中磷酸鹽過量，或養分不均衡使然。
黑毛藻是黑色的藻類，幾乎能直接或間接利用所有可見光，其光合作用的效率為水草或其他藻類所難望其項背者，以致在任何光質及光度下，它依然可以生存得很好。它能直接利用水中的溶氮（DN）為氮肥，所以在完全沒有氮肥（如硝酸鹽及銨鹽）的情況下，也可以正常生長，由此可見其生命力強韌的一般。
過去只要發現水草長出黑毛藻時，都是立即利用剪刀把長藻的葉片直接剪掉，以儘可能把它從水族缸徹底移除，不過它的孢子仍有再度萌發的機會，實在很難達到根絕的目的，縱使放養藻食性動物協助清除，但效果並不明顯，甚至使用一般除藻劑也難於對抗，因此許多人曾為此而翻缸。所幸，更有效的除藻劑（如TBS黑毛藻剋星）問世之後，大約在兩三星期的療程中，就可以把它消除殆盡，所以它的威脅性已經大為降低。
六、矽藻
矽藻在水草缸也是常見藻類之一，不過出現的機率，比上述藻類要來得少一些。在水族缸鮮少有大規模矽藻出現，通常只是區域性生長在水草向光的葉片、見光的砂層表面，或更多情況是長在缸壁上。外觀呈不規則膜片狀或泥狀，由於呈褐色的，有許多人也稱之為褐藻。
促使矽藻滋生的原因，最常見的是光線不足，水中含氧量過低，水質偏鹼性，過濾系統不良等因素所造成的，反而與肥料過剩的關係較少，所以矽藻也可能發生於養分貧乏的水族缸中。
當發現有此種藻類生長時，首先可以從加強光照，以及健全過濾系統等措施著手改善，也許即能在短期內逐漸讓它自動消失。如果沒有明顯改善，則可以放養藻食性魚類及笠螺來協助清理，或使用除藻劑給予清除，可能更迅速有效。