004 大都會暗號地圖事件（少年偵探團正式成立，並第一次破案）
012 步美綁架事件（少年偵探團的成員配備阿笠博士製作的臂章）
014謎樣的訊息狙擊事件
015 消失的屍體殺人事件
017 百貨公司挾持事件
020 鬼屋殺人事件
033 偵探團生還事件
036 週一晚上7：30分殺人事件
050 圖書館殺人事件
059 首次跑腿殺人事件
063 大怪獸哥美拉殺人事件
073 少年偵探隊遇難事件
080 放浪畫家殺人事件
081 當紅藝人綁架事件（前篇）
082 當紅藝人綁架事件（後篇）
086 誘拐現場特定事件
091 搶匪住院事件
107 鼴鼠星人之謎事件（前篇） 108 鼴鼠星人之謎事件（後篇）
109 偵探團大追蹤事件
112 帝丹小學7大離奇事件
119 假面超人殺人事件
123 天氣預報小姐綁架事件
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件（灰原哀加入少年偵探團） 130 競技場無差別脅迫事件（前篇）
131 競技場無差別脅迫事件（後篇） 135 消失的兇器搜尋事件
136 青色古堡探索事件（前篇）
137 青色古堡探索事件（後篇）
138 最後上映的殺人事件（前篇）
139 最後上映的殺人事件（後篇）
140 SOS！步美傳達的訊息
148 路面電車急剎車事件
163 月與星與太陽的秘密（前篇） 164 月與星與太陽的秘密（後篇） 165 少年偵探團消失事件
179 咖啡店貨車闖入事件
182 九門大搜索
183 危險的處方箋
194 意味深長的八音盒（前篇）
205 本廳刑事戀愛物語3（前篇） 206 本廳刑事戀愛物語3（後篇） 209 龍神山汽車墜落事件
212 蘑菇、山熊和偵探隊（前篇） 213 蘑菇、山熊和偵探隊（後篇） 225 生意興隆的秘密
230 迷一樣的乘客（前篇） 231 迷一樣的乘客（後篇）
233 無法消失的證據（前篇） 234 無法消失的證據（後篇）
242 元太的災難
246 陷入網中的謎團（前篇）
247 陷入網中的謎團（後篇）
269 犯罪的紀念品（前篇） 270 犯罪的紀念品（後篇）
273 提問婆婆失蹤事件
276 警察手冊丟失事件
279 迷宮的陰暗（前篇） 280 迷宮的陰暗（後篇）
281 年幼的目擊者
289 迷途森林的光彥（前篇）290 迷途森林的光彥（後篇）
294 愛與決心的粉碎（前篇） 295 愛與決心的粉碎（後篇）
301 惡意與聖者的行進（前篇） 302 惡意與聖者的行進（後篇） 312 染上夕陽的布偶（前篇） 313 染上夕陽的布偶（後篇）
321 消失的綁架逃逸車（前篇） 322 消失的綁架逃逸車（後篇）
329 被挑撥的友情（前篇） 330 被挑撥的友情（後篇）
335 東京現影所的秘密（前篇） 336 東京現影所的秘密（後篇）
346 尋找屁股上的印記（前篇） 347 尋找屁股上的印記（後篇）
348 愛與幽靈與地球遺產（前篇） 349 愛與幽靈與地球遺產（後篇） 352 釣魚大會的悲劇（前篇） 353 釣魚大會的悲劇（後篇）
358 本廳刑事戀愛物語5（前篇） 359 本廳刑事戀愛物語5（後篇） 360 不可思議的春甲蟲
363 都市的烏鴉
369 好運男子的秘密
370 失而復得的遊戲軟體
374 星星和香菸的暗號（前篇） 375 星星和香菸的暗號（後篇）
376 限時15時 377 桃太郎解謎之旅（前篇） 378 桃太郎解謎之旅（後篇）
390 本廳刑事戀愛物語6（前篇） 391 本廳刑事戀愛物語6（後篇） 394 奇異屋宇的大冒險（封印篇） 395 奇異屋宇的大冒險（機關篇） 396 奇異屋宇的大冒險（解決篇）
401 寶石強盜現行犯（前篇） 402 寶石強盜現行犯（後篇）
403 不可思議的天使之館（前篇） 404 不可思議的天使之館（後篇）
409 同時進行的舞臺表演和誘拐行動（前篇） 410 同時進行的舞臺表演和誘拐行動（後篇） 411 神社鳥居的驚人暗號（前篇）
412 神社鳥居的驚人暗號（後篇）
414 追逐青鳥的偵探團
421 銀杏葉色的初戀（前篇） 422 銀杏葉色的初戀（後篇）
423 偵探團與青蟲4兄弟
427 充滿神秘的上學之路（前篇） 428 充滿神秘的上學之路（後篇） 435 以偵探團為焦點的專訪（前篇） 436 以偵探團為焦點的專訪（後篇）（班主任小林老師申請成為偵探團的顧問）
454 顛倒的場景（前篇） 455 顛倒的結尾（後篇）
459 怪人 循規蹈矩的男人
460 1年B班大作戰
461 消失的一頁
466 堅不可摧的雪人（前篇）467 堅不可摧的雪人（後篇）
468 池塘邊的奇怪事件
472 工藤新一少年時的冒險（前篇） 473 工藤新一少年時的冒險（後篇） 476 元太的必殺射門（前篇） 477 元太的必殺射門（後篇） 481 山妖婆婆的利刃（前篇） 482 山妖婆婆的利刃（後篇）
483 消失的巡警
509 紅白黃色與偵探團
510 柯南vsW暗號之謎
518 明治維新神秘之旅（探索篇） 519 明治維新神秘之旅（解讀篇） 524 討厭的藍色火花（前篇） 525 討厭的藍色火花（後篇）
542 讓魚兒消失的一角巖（前篇） 543 讓魚兒消失的一角巖（後篇） 549 回轉壽司之謎（前篇） 550 回轉壽司之謎（後篇）
551 犯人是元太的父親（前篇） 552 犯人是元太的父親（後篇)
554 鸛的探索之旅(蘭追蹤篇) 555 鸛的探索之旅(陽菜追蹤篇) 563 偵探團VS強盜團(騷亂) 564 偵探團VS強盜團(沉默) 565 沒有看見的目擊者
568 白鳥警部，櫻花的回憶(前篇)569 白鳥警部，櫻花的回憶(後篇) 571 妖怪倉庫中的奪寶戰鬥(前篇) 572 妖怪倉庫中的奪寶戰鬥(後篇) 577 螢火蟲點亮的真相
004 大都會暗號地圖事件（少年偵探團正式成立，並第一次破案）
012 步美綁架事件（少年偵探團的成員配備阿笠博士製作的臂章）
014謎樣的訊息狙擊事件
015 消失的屍體殺人事件
017 百貨公司挾持事件
020 鬼屋殺人事件
033 偵探團生還事件
036 週一晚上7：30分殺人事件
050 圖書館殺人事件
059 首次跑腿殺人事件
063 大怪獸哥美拉殺人事件
073 少年偵探隊遇難事件
080 放浪畫家殺人事件
081 當紅藝人綁架事件（前篇）
082 當紅藝人綁架事件（後篇）
086 誘拐現場特定事件
091 搶匪住院事件
107 鼴鼠星人之謎事件（前篇） 108 鼴鼠星人之謎事件（後篇）
109 偵探團大追蹤事件
112 帝丹小學7大離奇事件
119 假面超人殺人事件
123 天氣預報小姐綁架事件
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件（灰原哀加入少年偵探團） 130 競技場無差別脅迫事件（前篇）
131 競技場無差別脅迫事件（後篇） 135 消失的兇器搜尋事件
136 青色古堡探索事件（前篇）
137 青色古堡探索事件（後篇）
138 最後上映的殺人事件（前篇）
139 最後上映的殺人事件（後篇）
140 SOS！步美傳達的訊息
148 路面電車急剎車事件
163 月與星與太陽的秘密（前篇） 164 月與星與太陽的秘密（後篇） 165 少年偵探團消失事件
179 咖啡店貨車闖入事件
182 九門大搜索
183 危險的處方箋
194 意味深長的八音盒（前篇）
205 本廳刑事戀愛物語3（前篇） 206 本廳刑事戀愛物語3（後篇） 209 龍神山汽車墜落事件
212 蘑菇、山熊和偵探隊（前篇） 213 蘑菇、山熊和偵探隊（後篇） 225 生意興隆的秘密
230 迷一樣的乘客（前篇） 231 迷一樣的乘客（後篇）
233 無法消失的證據（前篇） 234 無法消失的證據（後篇）
242 元太的災難
246 陷入網中的謎團（前篇）
247 陷入網中的謎團（後篇）
269 犯罪的紀念品（前篇） 270 犯罪的紀念品（後篇）
273 提問婆婆失蹤事件
276 警察手冊丟失事件
279 迷宮的陰暗（前篇） 280 迷宮的陰暗（後篇）
281 年幼的目擊者
289 迷途森林的光彥（前篇）290 迷途森林的光彥（後篇）
294 愛與決心的粉碎（前篇） 295 愛與決心的粉碎（後篇）
301 惡意與聖者的行進（前篇） 302 惡意與聖者的行進（後篇） 312 染上夕陽的布偶（前篇） 313 染上夕陽的布偶（後篇）
321 消失的綁架逃逸車（前篇） 322 消失的綁架逃逸車（後篇）
329 被挑撥的友情（前篇） 330 被挑撥的友情（後篇）
335 東京現影所的秘密（前篇） 336 東京現影所的秘密（後篇）
346 尋找屁股上的印記（前篇） 347 尋找屁股上的印記（後篇）
348 愛與幽靈與地球遺產（前篇） 349 愛與幽靈與地球遺產（後篇） 352 釣魚大會的悲劇（前篇） 353 釣魚大會的悲劇（後篇）
358 本廳刑事戀愛物語5（前篇） 359 本廳刑事戀愛物語5（後篇） 360 不可思議的春甲蟲
363 都市的烏鴉
369 好運男子的秘密
370 失而復得的遊戲軟體
374 星星和香菸的暗號（前篇） 375 星星和香菸的暗號（後篇）
376 限時15時 377 桃太郎解謎之旅（前篇） 378 桃太郎解謎之旅（後篇）
390 本廳刑事戀愛物語6（前篇） 391 本廳刑事戀愛物語6（後篇） 394 奇異屋宇的大冒險（封印篇） 395 奇異屋宇的大冒險（機關篇） 396 奇異屋宇的大冒險（解決篇）
401 寶石強盜現行犯（前篇） 402 寶石強盜現行犯（後篇）
403 不可思議的天使之館（前篇） 404 不可思議的天使之館（後篇）
409 同時進行的舞臺表演和誘拐行動（前篇） 410 同時進行的舞臺表演和誘拐行動（後篇） 411 神社鳥居的驚人暗號（前篇）
412 神社鳥居的驚人暗號（後篇）
414 追逐青鳥的偵探團
421 銀杏葉色的初戀（前篇） 422 銀杏葉色的初戀（後篇）
423 偵探團與青蟲4兄弟
427 充滿神秘的上學之路（前篇） 428 充滿神秘的上學之路（後篇） 435 以偵探團為焦點的專訪（前篇） 436 以偵探團為焦點的專訪（後篇）（班主任小林老師申請成為偵探團的顧問）
454 顛倒的場景（前篇） 455 顛倒的結尾（後篇）
459 怪人 循規蹈矩的男人
460 1年B班大作戰
461 消失的一頁
466 堅不可摧的雪人（前篇）467 堅不可摧的雪人（後篇）
468 池塘邊的奇怪事件
472 工藤新一少年時的冒險（前篇） 473 工藤新一少年時的冒險（後篇） 476 元太的必殺射門（前篇） 477 元太的必殺射門（後篇） 481 山妖婆婆的利刃（前篇） 482 山妖婆婆的利刃（後篇）
483 消失的巡警
509 紅白黃色與偵探團
510 柯南vsW暗號之謎
518 明治維新神秘之旅（探索篇） 519 明治維新神秘之旅（解讀篇） 524 討厭的藍色火花（前篇） 525 討厭的藍色火花（後篇）
542 讓魚兒消失的一角巖（前篇） 543 讓魚兒消失的一角巖（後篇） 549 回轉壽司之謎（前篇） 550 回轉壽司之謎（後篇）
551 犯人是元太的父親（前篇） 552 犯人是元太的父親（後篇)
554 鸛的探索之旅(蘭追蹤篇) 555 鸛的探索之旅(陽菜追蹤篇) 563 偵探團VS強盜團(騷亂) 564 偵探團VS強盜團(沉默) 565 沒有看見的目擊者
568 白鳥警部，櫻花的回憶(前篇)569 白鳥警部，櫻花的回憶(後篇) 571 妖怪倉庫中的奪寶戰鬥(前篇) 572 妖怪倉庫中的奪寶戰鬥(後篇) 577 螢火蟲點亮的真相