“活化石”是在種系發生中的某一線系長期未發生前進進化，也未發生分支進化。更未發生線系中斷（絕滅），而是處於停滯進化狀態的結果。並須仍是現生的種類。 在生境不變，成種率極低的情況下，這些生物在幾百萬年時間內沒有發生什麼變化。於是相應的就形成了一些延續了上千萬年的古老的生物，同時代的其他生物早已絕滅，只有它們獨自保留下來，生活在一個極狹小的區域，被稱為“活化石”。 1938年在非洲東南部海中，首次發現殘存的總鰭魚類矛尾魚，是世界聞名的1種活化石。中國現在的裸子植物銀杏、水松和哺乳動物大熊貓等，均被世界公認為珍貴的活化石。 另一些在地史時期，曾廣泛分佈而長期生存至今的動物，如腕足類的海豆牙等，也是“活化石”，但它們不是孑遺生物。 總之，孑遺生物一定是“活化石”，但“活化石”不一定都是孑遺生物。 化石是埋藏在地層裡的古代生物的遺物。最常見的化石是由牙齒和骨骼形成的。古代動物死後，屍體的內臟、肌肉等柔軟的組織很快便會腐爛，牙齒和骨骼因為有機質較少，無機質較多，卻能儲存較長的時間。如果屍體恰好被泥沙掩埋，與空氣隔絕，腐爛的過程便會放慢。泥沙空隙中有緩慢流動的地下水。水流一方面溶解岩石和泥沙內的礦物質，另一方面將水中過剩的礦物質沉澱下來或成為晶體，隨著水流會逐漸滲進埋在泥沙中的骨內,填補牙齒和骨骼有機質腐爛後留下的空間。如果條件合適，由外界滲進骨內的礦物質在牙齒和骨骼腐爛解體之前能有效地替代骨骼原有的有機質，牙齒和骨骼便完好地儲存成為化石。由於化石中的大量礦物質是極為細緻地慢慢替代其中的有機質，所以能完整地儲存牙齒和骨骼原來的形態，連電子顯微鏡才能看清的組織形態都能原樣儲存。天長日久，骨骼的重量不斷增加，由原來的牙齒和骨頭變成了還儲存牙齒和骨頭原有的外形和內部結構的石頭，這個過程被稱作“石化過程”。 除了牙齒和骨骼外，有的動物的糞便也能成化石。例如，有的肉食動物吃肉時是連著碎骨一起吞下的，糞便裡有許多沒有被消化掉的碎骨，碎骨不容易腐爛，所以也能成為化石。腳印也能成為化石。人或動物踩在泥沙上，造成腳印。泥沙幹後，腳印又被另外的物質填滿。兩種物質都被後來滲進去的礦物質石化後儲存下來，但是兩種物質的性質不同，軟硬不同，容易風化或破壞的程度也不同。一種物質被風化或破壞後，另一種物質便表現為腳印化石。 化石形成的條件形成條件：雖然一個生物是否能形成化石取決於許多因素，但是有三個因素是基本的：（1）有機物必須擁有堅硬部分，如殼、骨、牙或木質組織。然而，在非常有利的條件下，即使是非常脆弱的生物，如昆蟲或水母也能夠變成化石。（2）生物在死後必須立即避免被毀滅。如果一個生物的身體部分地被壓碎、腐爛或嚴重風化，這就可能改變或取消該種生物變成化石的可能性。（3）生物必須被某種能阻礙分解的物質迅速地埋藏起來。而這種掩埋物質的型別通常取決於生物生存的環境。海生動物的遺體通常都能變成化石，這是因為海生動物死亡後沉在海底，被軟泥覆蓋。軟泥在後來的地質時代中則變成頁岩或石灰岩。較細粒的沉積物不易損壞生物的遺體。在德國的侏羅紀的某些細粒沉積岩中，很好地儲存了諸如鳥、昆蟲、水母這樣一些脆弱的生物的化石。

化石是埋藏在地層裡的古代生物的遺物。最常見的化石是由牙齒和骨骼形成的。古代動物死後，屍體的內臟、肌肉等柔軟的組織很快便會腐爛，牙齒和骨骼因為有機質較少，無機質較多，卻能儲存較長的時間。如果屍體恰好被泥沙掩埋，與空氣隔絕，腐爛的過程便會放慢。泥沙空隙中有緩慢流動的地下水，水流一方面溶解岩石和泥沙內的礦物質，另一方面將水中過剩的礦物質沉澱下來成為晶體，隨後水流會逐漸滲進埋在泥沙中的骨內，填補牙齒和骨骼有機質腐爛後留下的空間。如果條件合適，由外界滲進骨內的礦物質在牙齒和骨骼腐爛解體之前能有效地替代骨骼原有的有機質，牙齒和骨骼便完好地儲存成為化石。由於化石中的大量礦物質是極為細緻地慢慢替代其中的有機質，所以能完整地儲存牙齒和骨骼原來的形態，連電子顯微鏡才能看清的組織形態都能原樣儲存。