表面上是比睿山一向宗服從足利義昭，與信長對抗。

根本上是信長要建立一個全新的社會體系，任何阻當他的舊勢力，他都會毫不留情的剷除掉。

其實，織田信長與佛教勢力敵對的原因並不複雜，一者，織田信長不允許在自己的領地內有挑戰自己權威的勢力，二者，延歷寺為代表的寺社與織田家有著非常大的利益衝突。

當時的日本有著一種名為“座”的商業壟斷聯盟，這些“座”大多都處於貴族與寺院的控制之下。舉個例子，在延歷寺的領地之內，一些特殊商品只有加入“座”的商人才能夠銷售與運輸，相對的，這些加入“座”的商人們也要向延歷寺繳納會員費。

樂市樂座

眾所周知，織田信長在領地內施行了一項振興商業的“樂市樂座”政策，廢除了“座”的存在。正因如此，虎口搶食的織田信長才會引起寺院的不滿，尤其是像延歷寺這樣的大寺，雙方敵對，也是遲早的事情。

織田信長上洛初期，在京畿的立足並不算穩定，然而他沒有向舊勢力妥協，依舊堅持施行“廢除關所”以及“樂市樂座”等政策。事實證明，農業與商業的繁榮讓織田家越來越富有，實力也越來越強大，最終奠定了統一日本的基礎。

織田信長非常實在，他看出織田家之所以能夠從一介地方土豪變成天下人，靠的就是四個字，不是“阿彌陀佛”，而是“我很有錢”。

比叡山是日本天台宗山門派的總本山，織田信長火燒比叡山的直接原因是這樣的：

元龜元年（1570）織田信長的敵人朝倉、淺井聯軍在被信長攻擊弄得走投無路之時投奔比叡山，比叡山對其提供軍費與保護，信長要求比叡山方面交出自己的敵人，但是比叡山根據傳統的慣例以及自身的傳統立場，對信長的要求嚴詞拒絕。

而至於根本原因，則是這樣的：

當時的日本佛教寺院擁有不輸不入之權，就是寺院不需要納稅上貢，世俗統治者也無權管理寺內事務，同時寺院擁有僧兵，也就是出家人身份的武士，因此，比叡山其實就等於一方大名，當他們成為織田信長的敵人時，行事無忌的信長也就按照對待一般敵人的方式對付他們。

織田信長火燒比叡山實際上並不是針對佛教，而是消滅一個敵對的大名，但是帶來的後果使得他受到很多信奉佛教的人士的反彈，有人認為明智光秀髮動本能寺之變的原因就與火燒比叡山有關。

從影視作品上來看，是因為比叡山延歷寺包庇窩藏淺井和朝倉聯軍！

織田信長對淺井長政的背信棄義恨之入骨，而且在此前的戰爭中，淺井和朝倉聯軍殺死了織田信長的至親！

在這場戰爭中，淺井一方拼死抵抗織田軍，使得織田軍損失慘重，盛怒的織田信長要將淺井和朝倉聯軍斬盡殺絕，而延歷寺包庇淺井和朝倉聯軍，拒不交給織田軍，織田信長在忍無可忍的情況下火燒比叡山！

我們先回顧下這個事情的經過。

1570年，在姊川之戰後，織田軍不斷追殺淺井軍，但淺井軍躲到了近江的比叡山上，這裡是和尚們的地盤，信長送了錢給和尚們，希望他們不要跟自己為難，但和尚們不僅把錢退了回來，還痛罵信長是“佛敵”，遲早要遭天誅，這些人還不知道，在一年後，他們將會為自己的口無遮攔而付出代價。

1571年9月12日，信長拒絕了朝廷，幕府以及東大寺高僧的苦苦哀求，決定進攻庇護自己敵人的比叡山，而總大將則是剛剛加入織田家的明智光秀，早晨6點，天空下著小雨，織田總攻擊的法螺貝響起，織田軍分3路殺入比睿山，織田間諜到處爆破火藥，製造混亂，明智光秀、中川重政、佐久間信盛先攻擊山下的坂本町，山下來不及逃的男女老幼早已分不清左右方向，逃往八王寺山，避守在山內“日吉大社”裡。明智光秀等又放火燒燬“日吉大社”，延歷寺僧兵拼命防禦，敵不過織田軍四面八方的攻擊，全數戰死。

明智光秀、中川重政、佐久間信盛將僧眾、神官、坂本町民等以無差別方式全部殺死，然後沿著山道進入東塔區，“根本中堂”僧兵保護留守僧侶也全部殉寺，織田軍燒燬“根本中堂”、“大講堂”、“阿彌陀堂”。柴田勝家從大原口進入西塔區，燒燬“釋迦堂”、“にない堂”、“椿堂”，奇蹟的是較小型“琉璃堂”被織田軍疏忽而沒被燒燬。丹羽長秀先燒討堅田，再由橫川北口進入燒燬“橫川中堂”、“四季講堂”、“惠心堂”等。各路織田軍只要看到僧侶、學僧、上人、兒童、婦女全部砍頭。

比睿山僧眾想從琵琶湖乘小舟逃亡者，被佈置在湖上的木下秀吉封鎖船隊截擊捕捉，然後全部被屠殺。但往橫川香芳谷方向逃亡的人，就幸運多了，防守這裡的也是木下秀吉的部隊，但卻對抱著佛教寶物的山門眾寬大，睜隻眼閉隻眼讓山門眾脫出成功。據說後來被日本政府指定為國寶的“二十五菩薩來迎圖”與“慈惠大師畫像”，就從這裡逃過一劫。織田軍到處放火、殺戮、搶奪直到9月15日才停歇。整整4日內比睿山建寺以來的貴重佛像和經典，家中珍藏的寶物不是被掠奪就是被燒掉。

信長燒燬比叡山有以下三大原因

1、比叡山多次為與信長作戰的政敵提供庇護，甚至協助這些人戰敗後東山再起。

2、當時有不少日本僧人品行不端，對比剛傳入日本的西洋宗教看似知書達理使信長對僧人產生偏見。

3、給所有與信長為敵的武家、公家、法家一個警示，只要繼續保持敵對態度，沒有信長不敢殺的人。

4、比叡山屬於當時的宗門實力，在日本當時的情況下，宗門勢力足以抗衡大名，（經常發動一向一揆）信長的理念是在全日本實現天下布武，希望實現武家代替公家治理天下（甚至有說法是信長想取代天皇）；而宗門勢力的強大必定會阻礙其理念的實施。像本願寺等宗門勢力都曾聯合協助過朝倉、上杉等勢力打擊信長。