絕大多數轉基因作物能正常留種，如轉基因大豆、轉基因棉花、轉基因玉米等一年生作物，這些作物目前還是以種子繁殖成本最低，這一類作物假設不能留種，那就要年年制種，並且每一株都要進行一次轉基因，成本極高，恐怕千萬元一畝地還收不回成本，天底下沒有人會蠢到這個地步！

但有一些轉基因植物是不能留種的，如轉基因毛白楊這樣的多年生木本植物，原因是毛白楊可以無性繁殖，不需要留種。將轉基因毛白楊進行三倍體處理後，將不能產生花粉，可以有效防止目標基因隨花粉傳播到其他同種植物上，這樣做是有好處的。

轉基因大豆比非轉基因大豆發芽更整齊！

不能留種的作物都是轉基因的

就是你種下去了，開花結果後的種子不能在種。種還是可以發芽，但不能保證長出好苗來，不如第一代好。有些雜交的作物優良性狀之在子一代體現，子二代的基因又重新組合了，並不能保證長出來還是好的。也有一些種子公司為了保護專利，不讓農民留種，都自己留種就沒人再去買他們的種子了。不能留種不一定是轉基因的。

通常種子店出售的種子不是轉基因種子，而是雜交種子。雜交種子是不能留種的。

雜交優勢就是採用兩個不同遺傳性的親本，透過人為的干預方式對物種進行指定的隔離和交配，經過雜交而獲得的後代，往往超過原來的親本，表現出強大的優勢。例如，玉米的雜種第一代（F1）無論株高、莖葉、根系、雄穗、雌穗和籽粒，以及其他的抗旱耐澇、抗病蟲害和抗倒伏能力、光合作用強度等方面，都比親本優越得多，因而產量也就大幅提高，這些優越性的表現，就是雜種優勢。而利用雜種優勢生產出的第一代（F1）種子就是雜交組合，俗稱雜交種。如果將雜交種第一代（F1）種植收穫後的留種也就是雜種第二代（F2）繼續種植，就會出現植株高矮不齊，果穗大小不一致，成熟早晚也不一致，甚至不結實的現象，其雜種優勢顯著減弱，產生性狀分離，產量也大大降低。所以，雜交種不能留種，只有利用第一代，才能起到增產的作用。

轉基因育種是透過人為地在某個物種的遺傳物質中選出一個特定的基因，將其分離，然後用人為的，強制性的方法、手段插入另一個物種的遺傳結構中，從而改變目標物種的一些表現性狀，而利用基因工程技術改變基因組構成並用於農業生產的種子就是轉基因種子。轉基因產品一般都是絕育產品，所以轉基因種子也是不能留種的。

中國批准商業化種植的轉基因作物僅有棉花和番木瓜，佔全國作物種植比例的2.8%，批准進口用作加工原料的也只有大豆、玉米、棉花、油菜和甜菜5 種作物，中國至今沒有批准任何一種轉基因糧食作物種子進口到中國境內種植。中國種植的作物絕大多數是雜交品種，所以，一般種子店出售的種子都是雜交種子也就很正常了。