未經腐熟的有機肥中，攜帶有大量的致病微生物和寄生性蛔蟲卵，施入農田後，一部分附著在作物上造成直接汙染，一部分進入土壤造成間接汙染。另外，未經腐熟的有機肥施入土壤後，要經過發酵後才能被作物吸收選用，一方面產生高溫造成燒苗現象，別一方面還會釋放氨氣，使植株生長不良，因此，在施用有機肥時一定要充分腐熟。

腐熟有機肥標準是：顏色為褐色或灰褐色，發酵物溫度降至35度以下，無臭味，有淡淡的氨味。

腐熟是有機肥料分解過程的一個階段。在這個階段，有機物已經變到不能辨認它原來的形態，成為一團黑色鬆軟的物質，有時有臭味，在原重量上失去原來的三分之二（一般3噸有機肥原料可以腐熟1噸有機肥），在碳氮比率上變得較小。有機肥料施用前要強調腐熟，是因為沒有腐熟的有機肥料中，所含的養分形態絕大部分是遲效態的，作物不能直接吸收利用。不經腐熟的有機肥施入土壤中，不僅肥效差，而且還會滋生雜草和傳播病菌和蟲卵。因此，有機肥料腐熟的目的是為了釋放養分提高肥效，同時避免肥料在土壤中腐熟時產生某些對作物不利的影響，特別是產生的高溫，容易“燒苗”。

有機肥料的腐熟是一個複雜的過程。有機物質在土壤微生物作物下才能進行礦質化和腐殖化的過程。要使有機物質分解，釋放養分就必須依靠微生物的活動才能實現。

在腐熟過程中，有機物質的分解與合成是同時進行的。

一方面，一些有機物質由複雜的形態轉變為簡單的形態，由不溶於水的物質轉變為水溶性的物質，從而提高養分的有效性，使養分易被作物吸收利用，這就是礦質化作用；

另一方面，一些簡單的化合物或分解過程中的中間產物，在微生物的作用下，重新合成為複雜的化合物，最後可合成為腐殖質，這就是腐殖化作用。

因此，腐殖質的產生是有機肥料腐熟的重要標誌，其含量的多少與有機肥料的質量有密切的關係。

腐殖質對元素的遷移主要表現為有機膠體對金屬離子的表面吸附和離子交換吸附作用，以及腐殖酸對元素的整合作用與絡合作用。釋義：腐殖質是有機物經微生物分解轉化形成的膠體物質，一般為黑色或暗棕色，是土壤有機質的主要組成部分(50%～65%)。腐殖質主要由碳、氫、氧、氮、硫、磷等營養元素組成，其主要種類有胡敏酸和富里酸(也稱富麗酸)。腐殖質具有適度的黏結性，能夠使黏土疏鬆，砂土黏結，是形成團粒結構的良好膠結劑。