柑橘黑腐病主要為害果心。幼果受害後，成為黑色僵果、易脫落。成果受害症狀，分黑心型和黑腐型兩種。黑心型：病菌自果蒂部傷口侵入果實中心柱，沿中心柱蔓延，引起心腐；在中心柱腐爛處，長出大量深墨綠色絨毛狀黴層。果實外觀無明顯症狀，寬皮柑橘類（椪柑）和檸檬果實受害症狀常是這一型別。黑腐型：病菌自傷口或果臍部侵入。病斑初呈圓形，黑褐色，擴大後稍凹陷，邊緣不規則，中央黑色，乾燥時病部果皮柔韌。高溫、高溼時，病部長出灰白色菌絲體，後變為墨綠色絨毛狀。病果果肉酸苦，帶有黴味。溫州蜜柑和甜橙果實受害，多為這一型別症狀。葉片、枝梢受害，初生灰褐色、不規則形病斑，其上生黑黴。種子帶菌，可引起剛萌發的幼苗枯萎。

黑腐病又稱黑心病，中國柑橘產區均有分佈。為貯藏期的果實病害，常使果實中心柱腐爛，果肉味苦，不堪食用。

由於品種不同，其症狀也各異。椪柑、檸檬等，病菌常從果蒂剪口侵入，使中心柱腐爛，並長出深綠色絨毛狀黴（病原菌的子實體），而果實的外表無任何症狀。溫州蜜柑、甜橙等，除從傷口侵入外，還可從臍部侵入。病斑圓形，黑褐色，果皮柔韌，稍凹陷，邊緣不規則，高溫、高溼時，病斑長出灰白色菌絲，後期變墨綠色絨毛。田間幼果感染後，常造成黑色僵果，枝、葉被害後，病斑赤褐色，並長出黑黴。

病菌以菌絲體潛伏在枝、葉、果組織中越冬，也可以分生孢子在病果上越冬。當溫、溼度適合時，病菌由風、雨傳播，在田間感染果實，貯藏中、後期發病。