（1）毒性作用人長期攝入含獸藥殘留的動物性食品後可造成藥物蓄積。當達到一定濃度後，就會對人體產生毒性作用，如1998年發生在香港的鹽酸克倫特羅（瘦肉精）中毒事件，因內地銷往香港和深圳特區的商品豬肉中含有鹽酸克倫特羅的殘留而導致數十人發生心腦疾病。（2）過敏反應牛奶類食品中的青黴素類、四環素類和某些氨基糖苷類抗生素等殘留會引起易感人體產生過敏反應（青黴素類殘留還會引起變態反應），輕者出現面板瘙癢和蕁麻疹，重者引起急性血管性水腫和休克，甚至死亡。（3）三致作用即為致癌、致畸、致突變作用。由於一些藥物會損害組織細胞、誘發基因突變並且具有致癌活性，因而獸藥殘留的“三致”作用更應該引起我們的重視。如磺胺二甲嘧啶能誘發人的甲狀腺癌；氯黴素能引起人骨髓造血機能損傷；磺胺類藥物能破壞人的造血系統；甾體激素能引起幼女早熟、男孩女性化及婦女子宮癌；苯丙咪唑類有致畸胎作用；激素類物質進入人體，會明顯影響人體的激素平衡，從而誘發疾病等。近些年來，中國癌症發病率增高、各種疑難病症不斷髮生，很難說和中國養殖業中抗菌藥物和生長激素的濫用現象沒有關係。（4）導致病原菌產生耐藥性經常食用低劑量藥物殘留的食品可使細菌產生耐藥性。動物在經常反覆攝入某一種抗菌藥物後體內將有一部分敏感菌株逐漸產生耐藥性，成為耐藥菌株，這些耐藥菌株可透過動物性食品進入人體，當人患有這些耐藥菌株引起的感染性疾病時，就會給臨床治療帶來困難，甚至延誤正常的治療過程。（5）對胃腸道菌群的影響正常機體內寄生著大量菌群，如果長期與動物性食品中低劑量的抗菌藥物殘留接觸，就會抑制或殺滅敏感菌，而耐藥菌或條件性致病菌大量繁殖使人體內微生態平衡遭到破壞，機體易發生感染性疾病。（6）對生態環境質量的影響動物用藥後，一些性質穩定的藥物隨糞便、尿被排洩到環境中後仍能穩定存在，從而造成環境中的藥物殘留。高銅、高鋅等新增劑的應用，有機砷的大量使用，可造成土壤和水源的汙染。此外，藥物殘留還影響動物性食品的進出口貿易。許多國家把畜產品藥物殘留列為國際貿易中的技術壁壘措施之一，如果中國在殘留監控方面做得不好的話，勢必在動物性產品的國際競爭中處於劣勢。