1999-2000賽季，菲爾-傑克遜入主湖人，與奧尼爾（Shaquille O"Neal）和科比-布萊恩特（Kobe Bryant）打造出第三個“湖人王朝”。當賽季湖人隊經過驚險的7場大戰後淘汰開拓者，闖進總決賽。在兩隊的第七場比賽中，湖人隊在第四節還一度落後13分，但最後還是不可思議地反敗為勝。總決賽面對東部冠軍步行者，湖人以4比2勝出，奪得自1988年以來的第一個總冠軍。

　　第一個總冠軍到手後，三連冠水到渠成。2000-2001賽季，湖人在季後賽勢不可擋，西部碰到他們的球隊都被剃了光頭，在取得了季後賽12連勝之後，湖人在總決賽的第一場負於了費城76人，但是擁有那個賽季常規賽MVP，全明星賽MVP頭銜的小艾和聯盟最佳防守隊員木桶雖然拼盡全力，也無法阻止湖人前進的腳步，最後湖人在總決賽4比1戰勝76人，以季後賽16勝1負的驕人戰績奪得二連冠。奧尼爾在總決賽中平均每場得33分15.8個籃板，成為當之無愧的MVP。

　　2001-2002賽季，湖人隊在西部決賽中又碰到“絆腳石”，在與宿敵國王隊酣鬥7場後才與網隊會師。湖人隊以4比0兵不血刃地拿下了網隊，奪得第三個冠軍。奧尼爾總決賽平均每場36.3分12.3個籃板，再次成為總決賽MVP。

　　2002-2003賽季，奧尼爾受傷缺陣了前13場比賽，湖人開局戰績不佳，但奧尼爾復出後，湖人實力猶存，仍然是奪冠熱門。但西部半決賽他們卻以2比4不敵馬刺隊。而賽後，科比也在鏡頭前，留下了傷心的淚水

　　2003-2004賽季，湖人捲土重來，在馬龍自動以老將薪金加盟，並且用中產階級跳躍簽下佩頓後，湖人擁有了馬龍、佩頓、科比和奧尼爾這4個未來名人堂球員所組成的F4，這樣一個強大的陣容，但由於年齡老化和傷病以及隊內矛盾，他們在總決賽中以1比4不敵底特律活塞。

　　2004-2005年，由於與科比的矛盾激化，奧尼爾和科比註定有一個要離開，經過一個長期的痛苦的選擇，湖人與科比續約，並圍繞科比進行重建。而奧尼爾則被湖人交易到了邁阿密熱火，換來了左手魔術師拉瑪爾.奧多姆，鐵血大前鋒布萊恩.格蘭特以及剛剛嶄露頭角的小前鋒卡隆巴特勒。重建是一個漫長而痛苦的等待，在這個賽季，雖然科比等人拼盡全力，但仍然在最後關頭功虧一簣，沒能打進這個賽季的季後賽

　　2005-2006賽季，科比創造了NBA歷史單場第二高得分：81分，而湖人做了一筆並不明智的交易，將極具發展潛力的卡隆巴特勒交易去了奇才，換來了2001年的狀元秀誇梅布朗，意圖增強湖人的內線，但是，布朗的到來並沒有為湖人的內線帶來太多的幫助，反而是失去了巴特勒這個得分幫手的科比憑藉著出色的發揮帶領湖人進軍季後賽，在與納什率領的菲尼克斯太陽大戰7場後含恨敗北，止步季後賽首輪

　　2006-2007賽季，本賽季初期，湖人的戰績相當出色，後來遭遇到傷病的困擾，奧多姆沃頓等人紛紛傷停，湖人的戰績也一落千丈，最終勉強進入季後賽，但是卻被太陽輕鬆擊敗，再次止步與季後賽首輪

　　2007-2008賽季，湖人在賽季中期意外的以微小的代價用誇梅布朗交易來了全明星球員保羅-加索爾 ，加上日益成熟的年輕中鋒“小鯊魚”安德魯-拜納姆，表現穩定的球隊當家科比，二當家拉馬爾-奧多姆。湖人又有了向總冠軍衝擊的希望。常規賽結束後，科比當選常規賽MVP。在季後賽中，湖人一路衝擊，以4：0橫掃擁有“黃金雙槍”的掘金，4：2打敗德隆-威廉姆斯和布澤爾領銜的爵士，4：1擊敗衛冕冠軍馬刺，順利挺進總決賽。但是在被眾多專家看好的情況下，湖人2:4再次敗於歷史夙敵、擁有“三巨頭”的凱爾特人隊之手。

　　2008-2009賽季，全明星賽上湖人隊當家球星科比攜手奧尼爾同獲MVP。在與火箭的季後賽第二輪比賽中，前五場總分2-3落後於湖人的火箭回到主場休斯敦豐田中心打第六場“生死戰”。火箭將士眾志成城，上半場就領先湖人16分結束，第四節湖人發起反撲，但蘭德里在攻防兩端發揮出色，最終火箭以95-80擊敗湖人，將總比分扳成了3-3平局，迎來第七場決勝局。

　　第二節湖人科比率先得分，接著布朗兩罰全中，客隊將差距縮小為8分。此時火箭巴蒂爾和阿泰斯特分別三分命中，幫助球隊穩住了陣腳。該節中段火箭蘭德里飛扣得分，沃弗爾跳投命中，洛瑞也上籃得手，沃弗爾三分命中，將比分改寫為42-25，迫使湖人暫停。暫停後科比跳投得分，奧多姆4罰2中，可是火箭不甘示弱，斯科拉先是兩罰全中，接著又轉身上籃得手，科比惱羞成怒吃到技術犯規，布魯克斯連續罰入三球並遠投命中，上半場結束火箭以52-36領先湖人，該節科比砍下10分。最終湖人以89-70擊敗了群龍無首的火箭。

　　西部決賽中湖人首場憑藉阿里扎的搶斷以105-103險勝擊敗小牛後士氣正旺的掘金隊，第二場掘金依靠安東尼的出色發揮以106-103客場掀翻湖人，總比分1-1追平，第三場湖人絕地反擊，以103-97兵不血刃地拿下了掘金，總比分2-1領先，第四場湖人除科比以外的其他人發揮欠佳以101-120慘敗給了掘金隊，回到主場後在前三節全部打平的情況下，第四節一上來打了一波8-0，而掘金這邊只靠克雷扎的零星進攻來維持，最終以94-103不敵湖人。最後一戰湖人同仇敵訖，以119-92狂勝掘金，最終以總比分4-2擊敗掘金，衛冕西部冠軍，挺進總決賽，與擊敗詹姆斯的魔術會師。