《猩球崛起》以深入淺出的故事探討人類文明與科技進化之間的衝突。

　　故事的背景設在現代的舊金山，基因科學家威爾-羅德曼（詹姆斯·弗蘭克飾）為了治療人類神經萎縮類疾病研發了一種藥品，可以治療老年痴呆一類的病症，新藥在黑猩猩身上做實驗時，發現可以大幅度提高其智力，症狀眼睛變為綠色，智力達到人類水平，這隻試驗成功的黑猩猩生下小猩猩後，為了保護其子母性爆發，襲擊了工作人員而被射殺。其後研究所被迫對剩下所有黑猩猩進行了安樂死，研究專案被迫停止。為了救新生的小猩猩，威爾收養了他並起名凱撒（安迪·瑟金斯飾），在餵養凱撒過程中，因治療猩猩的傷，威爾-羅德曼遇上了動物學家凱洛琳（芙蕾達·託飾）並相戀。

　　凱撒因為遺傳其母的基因，從小就有很高的智慧，同威爾一家人一直幸福的生活著。威爾看到凱撒的實驗效果後，給老年痴呆症的父親注射了同樣的藥品，奇蹟般的恢復了大腦功能，但是數年後威爾發現人體對這種病毒藥品產生了抗體，威爾的父親病情惡化。威爾向上司展示藥品成果，要求使用更猛烈的病毒進行實驗，並在猩猩實驗中取得成功，威爾將藥品帶回了家。在一次誤傷人類之後，凱撒被迫與威爾分離，並被送進了看護所。在那裡他受到了無情的對待，繼而開始對人類產生敵意。有著高智慧的凱撒順利逃離了看護所，回到威爾的家後偷走了藥品，帶回看守所給其他黑猩猩使用，並開始領導他們，最終帶領其他猩猩逃出了看守所。而此時已經證明這個藥品對人類是一種致命的病毒，但是對猩猩無害而且能大幅提高其智慧，病毒已經開始傳播，形勢在逆轉，一場不得不與人類對立的戰爭即將開始。