除了遵循股權激勵的一般要點外，連鎖企業具有自己的特殊性，即具有母子架構，員工既分佈在母公司（總部）也遍佈分支機構（包括子公司、分公司、營業部等形式）。按照大家自然的想法，連鎖單店（就是各類分支機構）的員工在這個店裡上班，與這個店的利益聯絡最緊密，因此對其實施股權激勵的股權也應當放在這個店裡。這種想法對不對呢？不能一概而論。分兩種情況：第一種情況，如果各個分支機構和總部及其他各分支機構之間不需要進行資金、裝置、人員的交流，大家老死不相往來，在這種情況下，總部相當於一家獨立的投資公司，各分支機構相當於總部投資設立的獨立專案，各機構之間沒有資源的交流調動，那麼，各分支機構的員工就可以持有本分支機構的股份或分紅權；第二種情況，總部和各分支機構及各分支機構之間需要進行資源的交流調動，如果把分支機構的員工的股權激勵放在其所在的分支機構，那麼他就會和這家分支機構結成緊密的利益聯絡，他肯定不願意自己所在的分支機構對外交流調動資源，這樣總部就會喪失或減弱對各分支機構的資源調動能力，使得總部與各分支機構組成的集團的整體功能下降，嚴重的會形成“諸侯割據、山頭林立”的局面，總部完全喪失統一指揮和控制能力，整個集團名存實亡，這是為什麼中國很多中小企業一大就散的根本原因。那麼，對於需要集中統一領導的集團企業如何做股權激勵呢？應當把分支機構員工的激勵股權也放到母公司平臺，這樣大家的利益都在總部，自己的利益和整個集團的利益聯絡在一起，就會減低追求在分支機構的個人利益訴求，更能接受總部的指揮協調。

所以連鎖企業要根據自己的經營特點來決定股權激勵方案。