複合肥、有機肥、微生物菌肥是目前三大類肥料，這三者當然可以混合使用，不過一般菌肥是伴隨有機肥而生的，很少單純的伴隨複合肥使用，因為菌肥主要是微生物，微生物賴以生存的是有機質，而複合肥往往是無機鹽，微生物難以從無機鹽獲得養分而生存，所以不建議菌肥和複合肥混用，但是可以和有機肥混用，並且有機肥和複合肥搭配使用效果會更好。

不過實際使用過程中，也是隨著使用環境的不同而千變萬化的，有機肥往往是把生的糞肥或者有機物，透過微生物的作用，轉化出來的肥料，核心是轉化，所以有機肥往往不僅僅是肥料，還富含大量的微生物，因此往有機肥裡摻雜一些菌肥，是有點浪費的。

複合肥說白了，就是無機鹽，撒在土壤裡植物吸收充分，但是往往也存在一定的浪費，比如有些植物對氮磷鉀的需求量不同，造成部分的元素在土壤積累，所以在用複合肥的時候，和菌肥同時使用到土壤裡，也可以因為菌肥微生物的加入，微生物和植物根系互利共生，可以減少部分元素在土壤裡的積累，也是有一定效果的，不過微生物賴以生存的，還是泥土裡的有機物和植物互利共生，單純的把菌肥和複合肥搞在一起，作用是不大的。

因此有機肥在土壤裡養分全面，可以作為基礎性肥料，並且還可以提供部分微生物，這樣植物也會更健康，而複合肥成分單純，可以對植物的特定生長期提供充足的大量元素，起到增產增收的效果，所以沒有使用哪個最好，而是合理而科學的根據植物生長特性進行使用，效果最好。

不過有一定需要特意說明，那就是有機肥或者菌肥，不建議和殺菌劑混用，因為殺菌劑會對肥料裡的有益微生物有傷害，導致效果降低。