科學家認為，河馬和鯨魚在5000萬至6000萬年以前有一個共同的祖先　　日前一個國際科研小組在對一些4000萬年前的化石進行研究後，已經發現了足夠的證據來證明河馬與鯨魚是近親，這些化石或許為我們提供了生物進化中缺失的一環。　　儘管河馬與鯨魚在外表上沒有什麼相似之處，但是基因研究證實它們確有親緣關係。這個國際性　　的研究小組已經在網上釋出了他們的研究成果，正式論文將發表於近期的《國家科學院學報》上。　　加利福尼亞大學的吉恩-伯依斯瑞博士說：“假如單從河馬的外表來看，古希臘人認為它與馬有著血緣關係，而現代科學家則認為它與豬有著淵源。”　　鯨類動物中，比如鯨和海豚，它們與河馬的外表沒有任何相似之處。根據早期化石顯示，鯨類與河馬相差近4000萬年。最早的鯨類化石可以追溯到5300萬年前，然而最早的河馬化石卻只有1600萬年的歷史。　　那麼它們共同的祖先又是誰呢？伯依斯瑞和他的法國同事提出一種新的觀點，認為鯨類和河馬有一個生活在水中的共同祖先，距今約有5000萬-6000萬年。　　從這個祖先演化出兩支：一支是後來習慣生活於深水中的鯨類，另一支包括各種外表類似豬的動物，它們被稱作anthracotheres，這支動物繁衍迅速，形成了37個不同的種類，生活於除大洋洲和南美洲之外的地球之上，但是在250萬年前，這些物種大都滅絕了，只留下一個物種存活至今，它就是河馬。　　這一理論將鯨魚、海豚和偶蹄類動物區分開來，比如牛、豬和駱駝。伯依斯瑞認為，過去使用的區分動物種類的方法是看身體形狀和牙齒，但這種方法不總奏效，而且有時也不盡準確。　　根據這一研究,大多數的生物學家同意鯨與河馬是第一代表兄弟，但它們究竟有著怎樣的聯絡，又從屬於進化樹上的哪一支，還需要進一步的探討。

鯨魚自從河馬被發現至今，它的歸屬就引起科學家的激烈爭議。古希臘人認為它和馬有最親近的血緣，現代科學家則認為它的近親是豬或野豬。直到1985年科學家首次對河馬與鯨的血液蛋白進行對比，才發現河馬與鯨的差別遠不像看起來那麼大，最近的DNA分析也證實了這一點。因此早就有科學家建議，鯨應該和偶蹄動物歸為一目，合稱為“鯨－偶蹄動物”，儘管鯨的蹄已經完全變成了鰭。 研究人員透過對河馬與鯨各自祖先的化石系統分析後提出，它們的共同祖先約在4000萬年前分成兩支。其中的一支進化成為鯨，並最終告別了陸地；而另一支是一種外貌有些像豬的厚皮四蹄動物，被稱為石炭獸類，是所有偶蹄動物的祖先。 石炭獸類這種古老動物曾一度生活在除大洋洲和南美洲之外的廣泛地區，直到在250萬年前的冰期中滅絕。不過，約1600萬年前在非洲進化而成的河馬，可以算是它的直系孑遺，因此河馬與鯨的親緣關係可以比作“表兄弟”。 研究人員說，河馬與鯨的共同祖先應是半水棲的動物，喜好生活在水邊，新近發現鯨類祖先、河馬以及其他偶蹄動物祖先石炭獸類的化石，都顯示出半水棲或水棲的特徵。他們也支援將鯨和偶蹄動物合併成“鯨－偶蹄動物”目。