土壤裡面高溫，潮溼，種子的呼吸作用旺盛,大量消耗種子內的營養成分。

再者如果土壤不通風，種子無氧呼吸產生大量的酒精，導致種中毒面死，然後黴菌乘虛而入，就發黴了。

種子發芽的條件

種子發芽除了本身發育完全的內在條件外，尚需要有適當的環境條件配合才能進行。所謂環境條件主要包括Sunny、空氣、水分和溫度等。

(一)Sunny：有些植物的種子需要有光線才能發芽，也有些植物則正好相反，前者稱為好光性種子，後者稱為嫌光性種子。所以播種後應考慮植物對光線的好惡來決定覆土與否。一般細小的種子由於養分貯藏少，不足以支援胚芽由土中長出僅能在地表發芽，多屬於好光性種類。

(二)氧氣：種子開始活動就要進行呼吸作用，也就需要氧氣。所以播種時澆水太多，種子反而會腐爛，就是因為缺氧的原故。只有少數水生植物的種子，能在缺氧狀況下發芽。

(三)水分：水分是種子發芽所絕對必須的。有了水分，酵素才能活動，種子貯藏的養分才能水解產生作用，細胞也才能膨脹伸長。

(四)溫度： 植物種子的發芽溫度可以從0-40℃的範圍，但每一種植物都有其發芽適溫，也就是最適合於發芽的溫度。植物的發芽適溫因原產地而異，一般而言，溫帶植物以15-20℃為最適，亞熱帶及熱帶植物以25-30℃為適。