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番茄“黑稈子”按照發病部位可分為兩種，一是莖基部出現褐變發黑，另一種是莖稈中上部或分杈處出現黑褐斑等。

一、莖基部“黑稈子”

通常情況下，番茄莖基部出現“黑稈子”是由莖基腐病、疫黴根腐病這兩種病害引起的。

莖基腐病，也稱大苗立枯病，該病的識別關鍵點是莖基部病斑繞莖一週，縊縮，後期可見淡褐色蛛絲狀黴，植株逐漸枯萎而死。防治該病可用20%的甲基立枯磷乳油1200倍液混加95%的綠亨一號 （惡黴靈）3000倍液進行灌根。

疫黴根腐病，莖基部產生深褐斑，逐漸擴大後繞莖一週，病斑凹陷，與莖基腐病不同的是，縱剖莖基部可見導管變褐色，而莖基腐病則沒有。防治該病可用72.2%的普力克800倍液混加50%的DT500倍液混加80%的金納海 （福美雙）750倍液進行灌根。

二、莖稈或分杈處“黑稈子”

莖稈或分杈處“黑稈子”通常由番茄早疫病、晚疫病、莖枯病、條斑病毒病這幾種病害引起。

早疫病，莖稈或分杈處產生不規則褐斑，溼度大時有黑色黴層。晚疫病，莖稈或分杈處變細且呈黑褐色，病果上有明顯的雲彩斑。防治早疫病的主要藥品是代森錳鋅，而防治晚疫病的主藥是甲霜靈，因此防治以上這兩種病害可直接噴施68%的金雷多米爾 （精甲霜靈+代森錳鋅）800倍液進行防治。

莖枯病，莖稈上產生橢圓形褐色病斑，上下擴充套件，後期病斑可侵入到維管束中，引起該病的病原菌與早疫病相同，都是茄鏈格孢菌，防治時同樣以代森錳鋅為主藥，除了噴施金雷多米爾外，還可噴施50%的撲海因可溼性粉劑1000倍液。

條斑病毒病，莖稈上產生黑褐色斑塊，與莖枯病不同的是發病部位多在植株生長點附近，且病斑變色部位僅發生在表皮，不會深入至維管束，這是區別兩者的關鍵。防治該病時，需在發病初期噴灑2%的寧南黴素水劑500倍液，或20%的病毒A可溼性粉劑500倍液。