一是使人體正常菌群失調抗生素殺滅人體病菌的同時，也殺滅其他非致病菌（包括一些益生菌），從而破壞了人體內正常菌群的平衡，造成了菌群紊亂，引起不敏感的細菌或真菌大量繁殖，可導致葡萄球菌腸炎、念珠菌群病、敗血症等繼發性感染。

二是使病菌產生抗藥性當不該使用抗生素的時候使用抗生素，可以使一些病菌逐漸產生對抗生素的抵抗力，即抗藥性，一旦確定必須使用抗生素時，就不得不加大劑量才能有效，甚至加大劑量也無效。

三是毒性反應如鏈黴菌對前庭與耳蝸神經的損害，可出現眩暈、平衡失調、耳鳴、聽力減退、耳聾等；氯黴菌對骨髓的毒性，抑制骨髓造血機能，可致白細胞及血小板減少，嚴重可引起再生障礙性貧血；四環素、紅黴素酯化劑、二性梅素B、灰黃酶素等都能損害肝臟，造成肝功能不全或原有肝損加重；慶大酶素、卡那酶素、新酶素、巴龍酶素、先鋒酶素等對腎臟可有較大損害。

四是過敏反應如常用的青酶素其發生率約為百分之一到百分之八，輕者有關節痛、淋巴結腫大、發熱等，較重者發生血管神經性水腫、腦水腫或喉頭水腫，最嚴重的為過敏性休克，如不及時搶救將會死亡。

抗生素的上述危害，除過敏反應外，其餘均具有漸進性、累積性，病人自己很難察覺，因此易發生危險。因此，患者應在醫生指導下使用抗生素，以免受到更大的傷害。