農藥學的研究方向：

1、綠色農藥的分子設計及合成：發展、完善綠色農藥生物合理設計的理論及實踐，重點開展分子構效關係研究；選擇若干有研究基礎的重要靶標，利用化學生物學、生物化學、生物物理及結構生物學，研究這些具有農學意義的靶標酶與農藥分子的相互作用機理及結構，開展受體結構已知和受體結構未知的新藥設計，從生物學反饋資訊中不斷提高所建模型的準確性，為高效率地設計合成新藥奠定良好的基礎並指導合成；發展農藥（包括對現有高效品種）的綠色有機合成方法研究，其中包括新綠色合成方法的設計、仿生合成、立體有擇合成，生物合成及組合化學合成等；

2、快速、靈敏、微量的新農藥篩選模型的建立及應用：尋找農藥新靶標，開展農藥靶標的化學分子生物學研究，建立一些有結構生物學基礎的農藥分子設計生物模型；發展、完善新農藥篩選模型，特別是快速、靈敏、微量的除草劑及殺蟲劑篩選模型，充分利用現代儀器分析方法及生物技術，建立多種微量的、以靶標酶為物件的除草劑及殺蟲劑通量篩選體系；

3、天然源農藥的研究：深入開展中國特有的天然動植物農藥活性物質研究，分離、分析天然源農藥活性成份，特別是天然源殺蟲劑、植物病毒抑制劑等，研究、抽提這些天然源農藥的藥效團結構，進一步對這些藥效團結構進行化學組合改造，合成、篩選有實用前景的生物活性物質。