如果藕田中有浮萍覆蓋和青苔覆蓋，會降低水溫，影響藕芽的發芽和正常生長。防治浮萍草可採用打撈的方法和在有沼氣的地方潑澆沼液的方法，青苔可每畝用硫酸銅拌細土均勻地撒在青苔上防治。；藕田中主要雜草有稗、水莎草、千金子、牛毛氈等數十餘種，其中以稗草面積最大。雜草與蓮藕爭肥料、爭時間、爭生存空間，嚴重地阻礙著蓮藕的生長，若不採取措施除草，淨化環境，就會造成減產。總結各地藕田除草經驗，主要從兩個方面入手：；（1）農業防治；一是有條件的地方，定期實行水旱輪作，可以顯著減少雜草。二是控水窒息雜草。蓮藕栽植初期，灌水深度2～3釐米，當蓮藕立葉2～3片時，灌水深度可加大到10～16釐米，保持深水4～5天，能將大部分雜草幼苗殺死。三是對已長出水面的大株雜草，人工拔除後隨即踩入泥土漚肥。四是同時剷除田埂雜草。；（2）化學除草；一是在雜草3～4葉期，排去藕田明水，用12.5%的蓋草能，或35%的精穩殺得每畝40毫升，兌水50千克噴施，噴後3～4天雜草逐步枯黃而死。二是用60%丁草胺乳油每畝75～100毫升，或12%惡草靈乳油每畝125～150毫升，於雜草萌發前噴灑在淺水層，殺草效果也較好。；施用化學除草時要注意三點：一是陰雨天不宜施藥；二是水溫低於20℃時不施藥；三是施藥後藕田之間不宜串灌，以防藥害。