1.增加庫區地質災害發生的頻率興建水庫可能會誘發地震，增加庫區及附近地區地震發生的頻率。山區的水庫由於兩岸山體下部未來長期處於浸泡之中，發生山體滑坡、塌方和泥石流的頻率會有所增加2.造成庫區泥沙淤積由於受水壩的攔截，受水勢變緩和庫尾地區回水影響，泥沙必然會在水庫內尤其是大壩和庫尾（回水的影響）淤積。3.下游土地的土壤鹽鹼化不斷的灌溉又使地下水位上升，把深層土壤內的鹽分帶到地表，再加上灌溉水中的鹽分和各種化學殘留物的高含量，導致了土壤鹽鹼化。4.庫區及下游的水質惡化庫區水面面積大，大量的水被蒸發，土壤鹽鹼化使土壤中的鹽分及化學殘留物增加，從而使地下水受到汙染，提高了下游河水的含鹽量。5.河水的水質的改變由於水質的惡化及水流流速的減慢，使水生植物及藻類到處蔓延，不僅蒸發掉大量河水，還堵塞河道灌渠等等。這些水生植物不儀遍佈灌溉渠道，還侵入了主河道。它們阻礙著灌渠的有效執行，需要經常性地採用機械或化學方法清理。這樣，又增加了灌溉系統的維護開支。6.對下游河道的影響由於水勢和含沙量的變化，還可能改變下游河段的河水流向和沖積程度，造成河床被嚴重沖刷侵蝕，入河（海）口向陸地方向後退7.由於水流靜態化導致下游血吸蟲病等流行病的發病率增加8.移民問題和對庫區風景、文物的影響由於水位上升使庫區被淹沒，需要進行移民。並且由於興建水庫導致庫區的風景名勝和文物古蹟被淹沒，需要進行搬遷、復原等。9.對氣候的影響庫區蓄水後，水域面積擴大，水的蒸發量上升，因此會造成附近地區日夜溫差縮小，改變庫區的氣候環境。10.外交上的影響在國際河流上興建的水庫，等於重新分配了水資源，間接的影響了水庫所在國家與下游國家的關係。