現代生物工程包括五大工程，即遺傳工程(基因工程)、細胞工程、微生物工程(發酵工程)、酶工程(生化工程)和蛋白質工程。

在這五大領域中，前兩者作用是將常規菌(或動植物細胞株)作為特定遺傳物質受體，使它們獲得外來基因，成為能表達超遠緣性狀的新物種——“工程菌”或“工程細胞株”。後三者的作用則是這一有巨大潛在價值的新物種創造良好的生長與繁殖條件，進行大規模的培養，以充分發揮其內在潛力，為人們提供巨大的經濟效益和社會效益。

基因工程作為現代生物技術的核心，DNA重組技術是生物技術的核心技術。換句話說，生物技術五大工程的核心是基因工程，其核心技術是DNA重組技術。

一般認為，細胞工程是根據細胞生物學和分子生物學原理，採用細胞培養技術，在細胞水平進行的遺傳操作。細胞工程大體可分染色體工程、細胞質工程和細胞融合工程。基因表達的場所，就是細胞；細胞工程是基因工作的作坊。也就是細胞工程實現基因工作的編輯工作。

從廣義上講，發酵工程由三部分組成：上游工程，發酵工程和下游工程。其中上游工程包括優良種株的選育，最適發酵條件（pH、溫度、溶解氧和營養組成）的確定，營養物的準備等。發酵工程主要指在最適發酵條件下，發酵罐中大量培養細胞和生產代謝產物的工藝技術。下游工程指從發酵液中分離和純化產品的技術。發酵工程，可以說是細胞工程在微生物方面的深度應用（當然這是通俗的說話，不嚴格）。

酶工程和蛋白質工程，兩個相似度非常高。是都是蛋白質大分子層次的應用。是細胞工程（微生物工程）產生的產品。

聯絡起來，基因工程（DNA重組技術），實現基因的改變或者重組，產生新的或者更高效的功能基因，透過細胞工程（微生物工程），生產酶（蛋白質）等產品。當然細胞工程（微生物工程）的目的有時候並不是為了直接產生蛋白質或酶，但都是透過改變基因表達（直接改變基因或透過外因影響基因表達），實現細胞層次上的改變。