哈佛大學佔地85公頃的本部坐落於劍橋市的哈佛庭院上，庭院位於波士頓商業區西北方約5.5公里處。裡面包括了中央行政辦公署及大學中央圖書館，另也有數棟學術大樓，如大學學堂、紀念教堂和新生宿舍等。共有十二所住宿大樓給本科生，九所位於哈佛庭院的南部，靠近查爾斯河（英語：Charles

River）；剩餘的則在庭院的西北方，那裡原本是以前拉德克利夫學院的學生宿舍，直到兩者合併使用同一的住宿政策為止。校園附近有公交車及鐵路等交通運輸服務，供學生教員們穿梭校園。

哈佛大學的商學院及大多數的體育設施均處於波士頓的西邊，佔地145公頃。市區的行人天橋——約翰韋特橋橫跨查爾斯河，並將兩處的校區相連。哈佛的醫學院、牙科學院及公共衛生學院則在長木醫學區，佔地約8.9公頃，在波士頓商業區的西南約5.3公里處，距離本部同樣5.3公里遠。醫學區附近有巴士到達本部，中途站還包括後灣及麻省理工學院。

每個宿舍都包括了學生及管理員的房間，另也有飯堂、圖書館及其他學生康樂設施，這些大多數都由耶魯大學慈善家埃德華·哈克尼斯（英語：Edward Harkness）捐贈。

原本為拉德克利夫學院本部的拉德克利夫庭院，現則成為了哈佛大學拉德克利夫高等研究院的所在點，鄰近其他的哈佛大學研究院。