環磷醯胺有時可發生嚴重副作用。早期副作用如下。
（1）嚴重的骨髓抑制，血白細胞減少多在用藥過程中的10 ～ 14天出現，但在停藥2 周後常可恢復。
（2）發生感染。
（3）出血性膀胱炎，與劑量呈正相關。
（4）有約半數患者會發生脫髮，但停藥後會恢復。
（5）噁心、嘔吐等消化系統症狀，在較大劑量靜脈注射時較常見，一般在注射後6 小時出現，持續約4 小時。
遠期副作用如下。
（1）睪丸生精能力損害。有人認為副作用與本藥的療程長短呈正相關，＜ 100 天者，很少發生精子缺乏症，＞ 100 天者，發生率可達57%，故認為，劑量應少於每日3mg/kg，療程＜ 90 天，累積劑量應＜ 250mg/kg。如此用法，即使發生精子缺乏，也可能恢復。女性生殖系統副作用較輕，然而，亦有報告偶會發生停經，卵巢纖維化。
（2）發生惡性腫瘤。較常見的是膀胱癌、生殖系統癌、急性白血病。其發生率與本藥累積總劑量呈正相關。例如發生急性白血病者，其累積總劑量常＞ 25g。Feehally 報告，本藥能使迴圈性輔助性T 細胞減少，在停藥後仍可持續達6 個月，這可能是用本藥後較易發生癌腫的原因。
綜上所述，本藥雖副作用較大，但如能遵守上述的使用方法，一般不會產生嚴重的不良後果，特別是在有明確適應證時，應當機立斷地使用之。
環磷醯胺有時可發生嚴重副作用。早期副作用如下。
（1）嚴重的骨髓抑制，血白細胞減少多在用藥過程中的10 ～ 14天出現，但在停藥2 周後常可恢復。
（2）發生感染。
（3）出血性膀胱炎，與劑量呈正相關。
（4）有約半數患者會發生脫髮，但停藥後會恢復。
（5）噁心、嘔吐等消化系統症狀，在較大劑量靜脈注射時較常見，一般在注射後6 小時出現，持續約4 小時。
遠期副作用如下。
（1）睪丸生精能力損害。有人認為副作用與本藥的療程長短呈正相關，＜ 100 天者，很少發生精子缺乏症，＞ 100 天者，發生率可達57%，故認為，劑量應少於每日3mg/kg，療程＜ 90 天，累積劑量應＜ 250mg/kg。如此用法，即使發生精子缺乏，也可能恢復。女性生殖系統副作用較輕，然而，亦有報告偶會發生停經，卵巢纖維化。
（2）發生惡性腫瘤。較常見的是膀胱癌、生殖系統癌、急性白血病。其發生率與本藥累積總劑量呈正相關。例如發生急性白血病者，其累積總劑量常＞ 25g。Feehally 報告，本藥能使迴圈性輔助性T 細胞減少，在停藥後仍可持續達6 個月，這可能是用本藥後較易發生癌腫的原因。
綜上所述，本藥雖副作用較大，但如能遵守上述的使用方法，一般不會產生嚴重的不良後果，特別是在有明確適應證時，應當機立斷地使用之。