清洗缸壁魚缸用了一段時間都會在玻璃壁上產生汙垢甚至苔蘚，可以用磁刮器將魚缸玻璃上的苔蘚和圬垢方便地刮乾淨。磁刮器是分別由兩塊一對組成，一塊是兩片刀片和另一半刷片組成、透過磁性相吸的一對，一手將帶刀片的一塊放入水內貼住缸壁，另一手將帶刷的一片在缸外，使兩片相互吸牢，然後將外面一片在有綠苔和圬垢的地方來回移動，裡面一片就跟著移動，透過移動的刀子將缸壁上的苔蘚和汙垢清理乾淨，速度快省力，清理沏底，絕對不會刮毛玻璃。清洗過濾系統對於過濾系統的清洗，要先搞清楚過濾系統有幾層。第一層是過濾棉，第二層是生化棉，第三層 玻璃環（陶瓷環、生物石等），第四層 活性炭（吸氨石、麥飯石等）。因過濾桶密封性及安裝相對複雜，且為了保護硝化細菌系統，不宜經常清洗，因此，選擇的過濾材料要價格貴些比較高極的材料。第一層是屬於物理過濾，主要是將水中的固體殘渣阻擋住，所以特別容易髒，清洗也是以這一層為主，其他幾層通常很少清洗，常洗反而容易失去硝化菌。清洗是利用給魚缸換水之機，取出濾棉，在抽出的魚缸水中反覆漂洗，也可利用抽水管對濾棉反衝（當然衝力十分有限）洗。清洗時，一是要注意切不可搓洗，也不必要求洗得過分乾淨，更不可直接用自來水洗，否則附著在濾棉上的硝化細菌會被您徹底消滅，以至失去生物過濾的作用。一般情況下只需對魚缸髒了，進行清洗，並無必要考慮經常消毒。如果缸或用具髒了清洗，打掃是必要的，但要切記：清洗時不要用化學清洗劑，或其它化學試劑。因為清洗劑中的鹼性物質、表面活性劑及磷酸鹽等，都會對魚類和水草造成危害。而用熱水和海綿塑膠加上少許食醋來清洗是較好的方法。還有魚缸裡經常會有油漬與塵埃浮在水面上，可用薄的吸水紙吸去，辦法是用竹筷夾著薄紙輕輕地在水面拖動，即能吸去汙物。浮在水面的油漬是因脂肪及放食餌所致，要勤加清理，以防止水質變壞。魚缸的玻璃上常會黏附水苔等汙物，因它會影響魚兒的生長，所以一定要設法清除。清除時，可用特製的長柄夾夾住刀片來刮除不潔黏附物，刮落在箱底的不潔物，可用塑膠吸管吸收，為防止缸底的沙也被吸出，吸管口部可安一個適合的網子。

可以買一個魚缸專用的帶柄的刷子，第二，可以買一種，磁力刷，就是魚缸內外壁又透過磁力，粘起來。最後一個，其實魚缸清理是屬於比較專業的一個範疇，可以透過水族館的人，進行一個清潔保養，這個也是最好的一個方式。