在生產上，經常會遇到生物農藥需要與化學農藥同時使用問題。無論是同時使用或是在短期內順序使用，都存在著藥劑之間的互相作用問題。藥劑混合使用得合理，可以節省施藥成本，充分發揮生物農藥和化學農藥各自的優勢，提高防治效果。但如果混合使用不當，則可能降低藥效，甚至產生藥害。一般而言，大部分微生物農藥可與化學殺蟲劑和除草劑混合使用，但是一般不能與殺菌劑混合使用。這是因為微生物農藥的有效成分多是活體微生物，如真菌、細菌等，化學殺菌劑能夠殺死這些活體微生物，或對這些活體微生物的生長髮育有抑制作用，從而使微生物農藥失去原有的藥效。生物農藥均不能與鹼性農藥和銅製劑混用，生物農藥中的微生物或其他有效成分在中性或偏酸性環境條件下穩定，與鹼性農藥混用，就破壞了這些微生物的生存環境，引起菌類失活或有效成分的降解。生物農藥和其他農藥合理混合使用，需要進行大量的試驗證明。例如關於蘇雲金桿菌殺蟲劑已經被證明可以和下列農藥混用（需現配現用）：①與生物農藥類混用，包括阿維菌素、昆蟲病毒、井岡黴素、球孢桿菌製劑、苦皮藤製劑、川楝素製劑；②與苯醯基脲類殺蟲劑混用，包括氟鈴脲、滅幼脲、抑太保；③與菊酯類藥劑混用，包括溴氰菊酯、氯氰菊酯、高效氯氰菊酯、氰戊菊酯等；④與沙蠶毒素類藥劑混用，包括殺蟲單、殺蟲雙等；⑤與氨基甲酸酯類藥劑混用，如滅多威；⑥與有機磷類藥劑混用，包括敵百蟲、氧樂果、乙醯甲胺磷等；⑦與吡蟲啉混用，⑧與某些殺菌劑混用，包括三唑酮、甲基硫菌靈、福美雙等；⑨還可以與一些無機化合物及化肥混用，如乙酸鈉、磷酸二氫鉀、尿素、硼酸等。在實際應用之前，首先應該仔細閱讀說明書上的注意事項。另外，要做小量試驗。