1、專業不同臨床醫學主要從事與病人診療活動有關，包括內科、外科、婦產科、兒科等工作，而基礎醫學主要從事醫學研究工作，包括遺傳學、細部生物學等工作。基礎醫學主要到高等醫學院校和醫學科研機構等部門從事基礎醫學各學科的教學、科學研究及基礎與臨床相結合的醫學實驗研究工作。臨床醫學主要到醫療衛生單位、醫學科研等部門從事醫療及預防、醫學科研等方面工作。3、研究內容不同一個是研究基礎學科如解剖、生理、生化、微生物等等學術性內容，臨床醫學是以內外婦兒、五官科、眼科、面板科等等臨床應用學科的內容。學習的課程涵蓋幾乎所有的醫學課程，就是兩個醫學專業都需要學習基礎+臨床課程，只是重點側向部分課程。臨床醫學專業還有一年的臨床實習期，這是基礎醫學沒有的。 4、培養目標不同基礎醫學培養適應醫藥衛生事業現代化建設和適應現代生物醫學科學技術和現代高等醫學教育事業發展所需要的，具有較全面的綜合素質的，有紮實的理論知識基礎的，有較強的創新精神和實踐能力的，有較大的發展潛能的。德智體全面發展的生物醫學高階科研人才和基礎醫學專業教師，能夠勝任高等醫藥院校、醫藥衛生科研機構及有關實驗室工作的科研、教學等工作。臨床醫學培養適應醫藥衛生事業發展需要的，具有寬厚紮實理論知識基礎的，有熟練臨床工作能力和獨立臨床科研工作能力的，有較強的創新精神和實踐能力的，有較強的發展潛能的，德智體全面發展的，高素質臨床醫學高層次專門人才。