溶菌酶是一種鹼性球蛋白，分子中鹼性氨基酸、醯胺殘基和芳香族氨，酸的比例較高，酶的活動中心是天冬氨酸和穀氨酸。 溶菌酶是一種專門作用於微生物細胞壁的水解酶，稱包胞壁質酶或N-乙醯胞壁質聚糖水解酶，它專一地作用於肽多糖分子中N-乙醯胞壁酸與N-乙醯氨基葡萄糖之間的β-1，4鍵，從而破壞細菌的細胞壁，使之松馳而失去對細胞的保護作用，最終使細菌溶解死亡。也可以直接破壞革蘭氏陽性菌的細胞壁，而達到殺菌的作用，這主要是因為革蘭氏陽性細菌的細胞壁主要是由胞壁質和磷酸質組成，其中胞壁質是由雜多糖和多肽組成的糖蛋白，這種多糖正是由N-乙醯胞壁酸與N-乙醯氨基葡萄糖之間的β-1，4鍵聯結的。對某些革蘭氏陰性菌，如埃希氏大腸桿菌，傷寒沙門氏菌，也會受到溶菌酶的破壞。溶菌酶是母乳中能保護嬰兒免遭病毒感染的一種有效成分，它能透過消化道而保持其活性狀態，溶菌酶還可以使嬰兒腸道中大腸桿菌減少，促進雙歧桿菌的增加，還可以促進蛋白質的消化吸收

絕大多數微生物都能產生溶菌酶,如枯草芽孢桿菌突變株U_(244)微生物溶菌酶：人們從上世紀60年代發現微生物也產生溶菌酶,按其作用物件可分為兩大類,即細菌溶菌酶和真菌溶菌酶.♦細菌溶菌酶 細菌溶菌酶通常可分為三大類：N-乙醯氨基己糖苷酶,它催化水解肽聚糖中糖骨架中的β(1→4)糖苷鍵；N-乙醯胞壁醯-丙氨酸醯胺酶,它催化裂解肽聚糖中糖基與肽基；內肽酶,它催化裂解肽聚糖肽橋中的肽鍵.♦真菌溶菌酶 真菌溶菌酶主要包括幾丁質酶和-β葡聚糖酶.