1、性質不同 協同效應為一種化學現象，又稱增效作用，指兩種或兩種以上的組分相加或調配在一起，所產生的作用大於各種組分單獨應用時作用的總和。 別構效應又稱為變構效應，是寡聚蛋白與配基結合改變蛋白質的構象，導致蛋白質生物活性改變的現象。

2、應用不同 協同效應常用於指導化工產品各組分組合，以求得最終產品效能增強。 別構效應在生命活動調節中起很重要作用。如阻遏蛋白受小分子物質的影響發生構象變化，改變了它與DNA結合的牢固程度，從而對遺傳資訊的表達進行調控。另如激素受體，神經遞質受體等都是透過生物分子的影響發生構象變化而傳遞資訊的。可以說別構效應是生物分子“通訊”地基。

3、產生原因不同 普遍認為催化協同效應的產生是源自混雜多於一種活性金屬；或是給質子位置的產生；或者是奈米顆粒上表面形貌的改變造成的電子結構的改變。 別構效應可分為同促效應和異促效應兩類。相同配體（相同的結合部位）引起的反應稱為同促效應，例如寡聚體酶或蛋白質（如血紅蛋白）各亞基之間的協同作用即是同促效應。同促效應是同一種物質作用於不同亞基的相同部位而發生影響，因此是別構效應。 不同配體（不同的結合部位）引起的反應稱為異促效應，例如別構酶的別構結合部位和底物結合部位之間的反應即是異促效應。 聯絡：協同效應和別構效應都引起組分的改變。 來源：-別構效應 來源：-協同效應