烏茲別克與吉爾吉斯斯坦關係緊張，有歷史的原因，也有當前的原因。

1.蘇聯留下的弊端

蘇聯時期，中亞五國居民相互遷居現象普遍，民族分佈處於“大雜居、小聚居、相互問跨界而居”的複雜狀況，然而蘇聯政府人為劃分民族並建立民族國家為當前中亞民族矛盾的複雜性埋下了禍根。

這種做法造成五國相互之間均存在眾多跨界民族，相互間對某些邊界地段走向和鄰國境內某些民族聚居區歸屬問題一直爭執不休。過去在聯盟中央的協調下，這些邊界形同虛設。蘇聯解體後，原先虛設的邊界變成了實實在在的國界，這些問題就成為各主體民族國家間關係緊張和摩擦的溫床。

2.各國內部民族的混亂狀況

吉爾吉斯斯坦境內的烏茲別克族是人口最多的跨境民族，奧什州和賈拉勒阿巴德州的烏茲別克人憑藉背靠母國的地緣條件，與吉爾吉斯人針鋒相對，甚至無視吉爾吉斯斯坦政府的調解和有關的政令、法規，幾乎成為了國中之國。

3.利益衝突

“水資源之爭”是蘇聯時期的歷史遺留問題。中亞五國獨立多年來，圍繞跨境河流的水資源利用和水力發電站建設等問題的爭議，仍然是國家間關係緊張化加劇的敏感因素。 此外，“能源之戰”、“過境鐵路爭端”等利益衝突也造成了國家彼此之間的矛盾。

雖然有矛盾，但是，只要兩國間拿出誠意、智慧和耐心，求同存異，相信沒有什麼矛盾是化解不了的。