1688年，烏爾會河之戰，清軍慘敗。

時隔兩年，聖祖親征，烏蘭木通之戰透過慘勝扭轉了戰局。

1691年，促成多倫會盟，喀爾喀蒙古歸清朝。

1718年，喀喇烏蘇之戰，歷時四年收復西藏。

1731年，博克託嶺、和通泊之戰，清軍慘敗。後修訂合約，以杭愛山為界。

1755年，清滅準噶爾。

時隔兩年，大小和卓叛亂，直到1758年，才平亂成功。

清朝和準噶爾的重要戰役有不少，概括起來有以下這些：

烏爾會河之戰、昭莫多戰役、烏蘭布通戰役、和通泊戰役、喀喇烏蘇戰役

噶爾丹決心與清帝國爭奪天下。他於1688年進軍漠北喀爾喀蒙古四汗國。土謝圖汗等都被擊敗，逃入內蒙古。噶爾丹進軍內蒙古，直取北京。 康熙御駕親征，率清軍與準噶爾軍會戰於北京以北內蒙古的烏蘭布通，在清軍的大炮前，準噶爾騎兵血肉橫飛。噶爾丹出道以來第一次失敗。1695年，噶爾丹與清軍再戰於漠北昭莫多，再次敗於清軍炮火。噶爾丹敗死，其妻，一位驍勇善戰的巾幗英雄也壯烈戰死。噶爾丹身死家滅。

清朝和準噶爾的首次大戰。康熙二十九年六月，清軍與準噶爾軍在內蒙古烏珠穆沁左翼旗境內的烏爾會河之戰。烏爾會河之戰是清朝與準噶爾部的第一次戰事，雙方共投入兵力4萬餘人，經過半天多時間的決戰，準噶爾軍取得了勝利。然而，阿爾尼軍隊只是一支缺乏戰鬥力的非主力部隊，顯然不是噶爾丹親自指揮的準噶爾精兵之對手，所以失敗也是在情理之中。清廷遲遲沒有制定統一、具體的作戰方案，致使先遣部隊各行其事，未能發揮應有的作用。

696年2月，康熙帝發兵10萬，分三路大舉出擊。5月13日，西路軍在昭莫多（今蒙古國烏蘭巴托以南的宗莫德）大敗噶爾丹軍。1697年2月，康熙帝發動第三次遠征，命費揚古、馬恩哈分別統率兩路大軍，共6000人，由寧夏出發，進剿噶爾丹殘部。4月康熙帝親赴寧夏，指揮這次軍事行動。正當清軍進發之時，噶爾丹眾叛親離，軍隊只剩下五六百人，遂飲藥自盡（又說被人殺害）。

準噶爾汗國一連串大有作為的君主，對這種挫敗，有無限的憤怒，遂使清、準邊界地帶的衝突，沒有寧日。滿清顯然沒有力量摧毀他們，所以只是一味盼望和平共存，相安無事。在征服青海之後，就向準噶爾汗國建議重新劃定邊界。為了表示誠意，滿清特地把駐屯在哈密（新疆哈密）和科布多（蒙古科布多）的兩個兵團撤回。但策妄阿拉布坦可汗對和解沒有興趣，他仍希望至少取得西藏，談判沒有成功。一七二七年，策妄阿拉布坦逝世，兒子策零嗣位，他比他父親更有才幹和雄心，當滿清要求把和碩特汗國流亡可汗羅卜藏丹津交出來時，策零拒絕，並且用一種在清皇帝看來十分不禮貌的語句，通知皇帝胤礻真（玄燁大帝的兒子）說，他父親策妄阿拉布坦已經昇天成佛，他自己的責任是使喇嘛教弘揚於世界，世界人類都因他而獲得安寧。這些話使他顯得比胤礻真還要偉大，胤礻真大為光火。