順治三年（南明·隆武二年，1646年）五月，降清的明臣洪承疇向清徵南大將軍多羅貝勒博洛提出招降鄭芝龍的建議，與招撫福建御史黃熙胤（晉江人）寫信勸鄭芝龍降清。六月，清軍兵分兩路由仙霞關、分水關進逼福建，鄭芝龍既得貝勒書，決意降，鄭芝龍兄弟擁兵不進。八月，鄭芝龍盡撤水軍回晉江安平，有船五六百艘；鎮守仙霞關的鄭鴻逵聞訊逃竄，清兵陷仙霞嶺，隆武帝奔汀州，被執，後絕食死於福京。九月十九日，清徵南大將軍多羅貝勒博洛統兵佔福州。不久，清兵乃疾取興化、泉、漳諸郡縣。同月，博洛遣泉州紳士郭必昌持書往安平招撫鄭芝龍，許以閩粵總督。鄭芝龍不顧鄭成功苦諫，於十一月十五日北上福州降清。十一月三十日，清兵進劫安平，翁夫人(田川氏）未及逃出，恐受辱，乃自縊而死，享年四十五。
鄭芝龍後被挾持上京，授精騎呢哈番。順治十一年（1654年），清封鄭芝龍為同安侯。鄭成功已在閩南奠定抗清戰鬥基礎。二月，清廷命鄭芝龍派其家人李德與鄭、賈二位使臣送海澄公敕印入閩，招成功降，福建總督劉清泰並附書保其安全；且派遣其弟鄭世忠持鄭芝龍書勸之。鄭芝豹、鄭彩皆降，唯鄭成功不受。
十一月，鄭成功派遣五鎮營兵及戰艦百餘艘南下，會西寧王李定國併力勤王破敵。十二月，鄭成功攻漳州，屬十邑俱下；轉攻泉屬，各縣望風迎降；轉大擾福州、興化等郡。清廷無法，特遣內院學士葉成格等，偕同鄭芝龍四子渡，送漳、泉、潮、惠劃分鄭成功安屯兵將，敕命入閩。鄭成功於安平見使臣，請其諳詔。清使曰：“爾等既無剃髮者，不為清臣，不能出詔。”遂回泉州。鄭成功冷笑曰：“忽來忽去，吾料之已熟。”乃上書鄭芝龍，言表拒未投降之因：“吾父往見貝勒之時，已入谷中，其得全至今者，亦大幸也。萬一吾父不幸，天也，命也，兒只有縞素復仇，以結忠孝兩全之局耳。”清廷怒囚鄭芝龍於高牆、鄭芝豹於寧古塔。
順治十三年（1656年），鄭成功督師北上，克閩安及羅星塔，攻連江，進攻羅源、寧德等邑，於護國嶺擊殺清將阿格商。清廷大震，迫鄭芝龍差家人謝表持巡撫佟岱書到寧德見鄭成功，再度相勸就撫。鄭成功怒叱不理，令謝表持書還，自是撫議永絕。
順治十八年（1661年)農曆三月初一日，鄭成功在金門祭海誓師，進軍臺灣；四月初一（公曆4月30日），鄭軍登陸臺灣；四月初八日登陸安平，佔領臺灣南部；五月，鄭成功攻臺灣東都，改赤崁城為承天府；荷蘭人戰敗，降於安平。十月初三日，鄭芝龍及其子孫家眷11人被清廷殺於北京柴市，鄭氏在北京老少無遺。
順治三年（南明·隆武二年，1646年）五月，降清的明臣洪承疇向清徵南大將軍多羅貝勒博洛提出招降鄭芝龍的建議，與招撫福建御史黃熙胤（晉江人）寫信勸鄭芝龍降清。六月，清軍兵分兩路由仙霞關、分水關進逼福建，鄭芝龍既得貝勒書，決意降，鄭芝龍兄弟擁兵不進。八月，鄭芝龍盡撤水軍回晉江安平，有船五六百艘；鎮守仙霞關的鄭鴻逵聞訊逃竄，清兵陷仙霞嶺，隆武帝奔汀州，被執，後絕食死於福京。九月十九日，清徵南大將軍多羅貝勒博洛統兵佔福州。不久，清兵乃疾取興化、泉、漳諸郡縣。同月，博洛遣泉州紳士郭必昌持書往安平招撫鄭芝龍，許以閩粵總督。鄭芝龍不顧鄭成功苦諫，於十一月十五日北上福州降清。十一月三十日，清兵進劫安平，翁夫人(田川氏）未及逃出，恐受辱，乃自縊而死，享年四十五。
鄭芝龍後被挾持上京，授精騎呢哈番。順治十一年（1654年），清封鄭芝龍為同安侯。鄭成功已在閩南奠定抗清戰鬥基礎。二月，清廷命鄭芝龍派其家人李德與鄭、賈二位使臣送海澄公敕印入閩，招成功降，福建總督劉清泰並附書保其安全；且派遣其弟鄭世忠持鄭芝龍書勸之。鄭芝豹、鄭彩皆降，唯鄭成功不受。
十一月，鄭成功派遣五鎮營兵及戰艦百餘艘南下，會西寧王李定國併力勤王破敵。十二月，鄭成功攻漳州，屬十邑俱下；轉攻泉屬，各縣望風迎降；轉大擾福州、興化等郡。清廷無法，特遣內院學士葉成格等，偕同鄭芝龍四子渡，送漳、泉、潮、惠劃分鄭成功安屯兵將，敕命入閩。鄭成功於安平見使臣，請其諳詔。清使曰：“爾等既無剃髮者，不為清臣，不能出詔。”遂回泉州。鄭成功冷笑曰：“忽來忽去，吾料之已熟。”乃上書鄭芝龍，言表拒未投降之因：“吾父往見貝勒之時，已入谷中，其得全至今者，亦大幸也。萬一吾父不幸，天也，命也，兒只有縞素復仇，以結忠孝兩全之局耳。”清廷怒囚鄭芝龍於高牆、鄭芝豹於寧古塔。
順治十三年（1656年），鄭成功督師北上，克閩安及羅星塔，攻連江，進攻羅源、寧德等邑，於護國嶺擊殺清將阿格商。清廷大震，迫鄭芝龍差家人謝表持巡撫佟岱書到寧德見鄭成功，再度相勸就撫。鄭成功怒叱不理，令謝表持書還，自是撫議永絕。
順治十八年（1661年)農曆三月初一日，鄭成功在金門祭海誓師，進軍臺灣；四月初一（公曆4月30日），鄭軍登陸臺灣；四月初八日登陸安平，佔領臺灣南部；五月，鄭成功攻臺灣東都，改赤崁城為承天府；荷蘭人戰敗，降於安平。十月初三日，鄭芝龍及其子孫家眷11人被清廷殺於北京柴市，鄭氏在北京老少無遺。