明朝時，省一級地方行政長官叫布政使，司法長官叫按察使。後因軍事需要，特在某一地區設巡撫，行使職權期間，省級官吏須聽命，事畢後巡撫也就撤消。後來因軍事頻繁，巡撫漸成定員，凌駕於布、按之上，作為一省最高官員，甚至在兩、三巡撫之上再設一個總督，甚至在總督之上還有"督師"，那是掛兵部尚書銜的大員了。明朝的巡撫品級較低，一般以三、四品為常見。清初承明制，後來漸漸固定下來，巡撫作為正二品大員的省級首長，統轄布、按二司，總督在品級上比巡撫高一級，但督、撫並非上下級，而是平行的，朝廷就是要督、撫互相牽制，免得象唐朝節度使那樣尾大不掉。由於職權劃分不清，清朝督撫不和、扯皮是很常見的現像。

明代巡撫最初不是定製。與總督一樣是臨時派遣，後面形成定製。

清代逐步完善，統一規定巡撫從二品，加兵部吏部侍郎或者左副都御史為正二品，管轄本省軍政民政。

實際操作中巡撫侵奪了布政使（從二品，相當於省長）、按察使（正三品，省司法監察主官）、學政（無品特派員，相當於省的教委主任，招辦主任）的實際職權，本身也有直屬軍隊撫標，對轄區綠營、官員有極大控制權，號稱制臺。

清朝的巡撫是從二品，加兵部侍郎銜是正二品。明代則比較複雜。巡撫初設，並非固定職官，而是因某一事項臨時設定，由中央派遣到地方協調處理軍政事務，事畢返京解除巡撫之職。但隨著後來明朝地方政務日益崩壞，巡撫要處理的事物也愈加複雜，需要的時間也越來越長，逐漸變成常設官員，進而由京官變成地方官。所以早期的巡撫，是有自己的官職品級的，從二品到四品的官員都有可能委以巡撫之職。後期隨著職位固定，出任巡撫的官員或由中央派出，或由地方布政使升任，由於巡撫有監察地方三司的職能，所以多加都御史、副都御使銜。都御史是正二品，副都御使是正三品。還有一類巡撫不是為了協調管理地方三司設定的，而是以邊鎮或戰區軍務為主，比如登萊巡撫，負責登萊海防和遼東軍糧供應，轄區有限，加兵部侍郎和僉都御史銜，正四品。