隋唐時，玉門關關址由敦煌西北遷至敦煌以東的瓜州晉昌縣境內。唐慧立彥棕撰《大慈恩寺三藏法師傳》記，玄奘法師西行求經，於貞觀三年(629年)九、十月間抵達瓜州晉昌城(今甘肅安西縣鎖陽城)，在當地詢問西行路程，有人告知：從此北行五十餘里有一葫蘆河，“下廣上狹，涸波甚急，深不可渡。上置玉門關，路必由之，即西境之襟喉也”。玄奘遂在瓜州找了一位胡人嚮導，於半夜三更到達河邊，遙見玉門關。“乃斬木為橋，布草填沙，驅馬而過”。葫蘆河即今流經玉門布、安西縣等地的疏勒河。這裡標明瓜州晉昌城以北五十餘里的葫蘆河上置有玉門關。《隋書·西突厥傳》、《元和郡縣圖志》亦記載玉門關在瓜州晉昌縣境。據此，學界普遍認為隋唐時期的玉門關位於鎖陽城北30公里許(約合唐裡50餘里)，即安西縣城東50公里處的疏勒河岸雙塔堡附近，已移至漢玉門關東約240公里之處。這裡正處交通的樞紐地位，東通酒泉，西抵敦煌，南接瓜州(鎖陽城)，西北與伊州(哈密)相鄰。且傍山帶河，形勢險要。其四周山頂、路口、河口要隘處今仍存古烽燧11座，如苜蓿烽、亂山子七烽等。關址於1958年修建雙塔水庫時被淹，每年冬季枯水時可露出水面。關牆已坍，夯築，殘寬3．5—4米，殘高0．3—0.75米，南北160米，東西155米，開東、西二門，四周環以護城河。關牆內外散落大量素面灰陶片、碎磚塊、花崗岩石條、殘石磨等，均系隋唐時期遺物。