大腸桿菌RNaseP蛋白在切去部分後，在體外高濃度鎂離子的情況下，留下的RNA部分(MIRNA)具有酶活性。核酶的作用底物可以是不同的分子，有些作用底物就是同一RNA分子中的某些部位。核酶的功能很多，有的能夠切割RNA，有的能夠切割DNA，有些還具有RNA 連線酶、磷酸酶等活性。與酶相比，核酶的催化效率較低，是一種較為原始的催化酶。核酶可透過催化靶位點RNA鏈中磷酸二酯鍵的斷裂，特異性地剪下底物RNA分子，從而阻斷靶基因的表達。擴充套件資料：如果一個能專一識別HIV的RNA的核酶存在於被病毒感染的細胞內，那麼它就能建立抵抗入侵的第一防線。甚至，HIV確實進入到了細胞並進行了複製，RNA也可以在病毒生活史的不同階段切斷HIV的RNA而不影響自身的RNA。與一般的反義RNA相比，核酶具有較穩定的空間結構，不易受到RNA酶的攻擊。更重要的是，核酶在切斷mRNA後，又可從雜交鏈上解脫下來，重新結合和切割其它的mRNA分子。Ⅰ型和Ⅲ型限制酶水解DNA需要消耗ATP，全酶中的部分亞基有透過在特殊鹼基上補加甲基基團對DNA進行化學修飾的活性。Ⅱ型限制酶水解DNA不需要ATP也不以甲基化或其它方式修飾DNA，能在所識別的特殊核苷酸順序內或附近切割DNA。因此，被廣泛用於DNA分子克隆和序列測定。